按照有关规定，综合保税区内企业可以开展以下九大类业务：
01存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物
除国家另有规定外，综合保税区存储的保税货物不设存储期限，故可以在区内长期存放保税货物。例如，企业从境外进口的货物，可以在综保区内长期进行保税存储，以利用时间差，在国内外市场洽谈销售，赚取更大的利润。
02国际转口贸易
商务部定义的转口贸易是生产国与消费国之间通过第三国进行的贸易，即交易的货物可以由出口国运往第三国，在第三国不经过加工（改换包装、分类、挑选、整理等不作为加工）再销往消费国，也可以不通过第三国直接由生产国运往消费国，但生产国与消费国之间并不发生交易关系，而是由第三国分别同生产国和消费国发生的交易。
转口贸易的发生，主要基于历史、政治、经济或者区位因素，该地实施优惠政策，降低中转费用，逐渐发展为货物集散中心，形成如新加坡、中国香港、伦敦等为中转地的国际zhu名转口贸易港。但近年来，一些国家或地区的海关特殊监管区域（如加工区）、保税仓库等也成为转口贸易的主要中转地。例如，我国国内企业将货物出口至综合保税区内，卖给A国贸易商，A国贸易商又将货物卖给B国贸易商，而此时货物未发生物理位移，仅是产权发生转移，这也是转口贸易。
03国际采购、分销和配送
综保区内企业可以从国内外采购货物，在综合保税区内进行流通性简单加工和增值服务（如分级分类、分拆分拣、分装、组合包装、加刷唛码等）后，向境内外分销配送。
例如，某公司在综合保税区内设立亚太地区配送中心，根据国内及国际分销商订单，把来自境外和国内的产品、部件在区内进行统一的组装或拼装、重新打包后，将货物通过国内及国际航线发往国内或境外用户。
该模式的优势
1兼顾中国既是制造大国也是消费大国的全球贸易格局，通过综合保税区统筹将国内和国外两个市场的购买、销售行为及复杂的境内外货物流向集成，实现对国内外资源的有效调配；
2境外产品进区后享受保税待遇，暂缓缴纳进口关税及增值税、消费税，减少了企业的资金占用；
3国内通过一般贸易出口至区内的商品，进区即可获得退税，使区外企业尽早拿到退税；
4集中仓储及配送的管理模式，大大提升集拼及配送效率，降低了企业的运营成本。
04国际中转
国际中转货物是指由境外启运，经中转港换装国际航线运输工具后，继续运往第三国或者地区指运口岸的货物。
国际中转是国际zhi名港口的基础性业态，不仅可以开拓间接货源腹地，促进转口和加工贸易发展，还能促进港航要素集聚，提升港口服务功能，是衡量现代国际航运枢纽辐射范围和聚集能力的重要标志，也是体现港口综合服务能力和国际竞争力的重要指标。
此处需注意的是，国际中转同转口贸易容易发生混淆，这两者既有交叉，又有差异。它们之间的主要区别是：
国际中转
从物流角度出发，即国际货物在某地换装运输工具后继续运往目的国。
转口贸易
从货物产权角度出发，即货物产权发生转移。
而如果货物从物流及产权转移方面分别符合两者定义，那么它既是中转货物，又是转口货物。
05检测和售后服务维修
综合保税区内的保税维修是以保税方式将存在部件损坏、功能失效、质量缺陷等问题的货物或运输工具从境外运入综合保税区内进行检测、维修后复运出境（外籍船舶、航空器除外），或者将上述货物从境内区外运入综合保税区内进行检测、维修后复运出区进入国内。开展保税维修，可以使企业完善产品售后服务体系，由加工制造延伸至后期检测维修服务，从后端提升“微笑曲线”位置，提高市场竞争力和品牌影响力。
例如，某企业出口的精密仪器，在完成技术突破、设备升级、实现大规模量产后，境外客户的维修需求量也随之急速增长。此时，若按照传统的修理物品模式进行作业，不但通关时间长、查验率高，且每次须缴纳保证金，给企业带来很大不便。而其搬迁至综合保税区内开展保税维修业务后，无须缴纳保证金，查验率降低了95%，通关时间压缩了2/3以上，且从境外采购的用于维修的检修设备还享受设备免税政策。
又如，某综合保税区内企业，开展本集团其他工厂生产的笔记本、手机等在国内销售产品的售后维修工作，充分利用了闲置产能，提升了经济效益和品牌zhi名度。
06商品展示
保税展示交易，指综保区内企业无须缴纳进口环节税费，通过提供担保的形式，将进口商品运至综合保税区规划面积以内、围网以外综合办公区专用的展示场所，或者综合保税区以外的其他固定场所，进行展示和销售的经营活动。保税展示交易的商品如果进行了交易才正式缴税，没有交易就暂时不用纳税，可以重新返回区内。这与传统的进口商品先缴纳税费再销售模式相比，有利于减轻企业资金占用、降低经营成本。
07研发、加工、制造
综合保税区内生产企业可从事国外进口原材料保税加工后出口或销往国内，或从国内采购原材料入区退税后加工出口，或者将国内外原料加工后内销或出口。加工制造为利用国内外两种资源和产品，面向国际、国内两个市场的生产企业提供了发展空间，同保税物流、保税服务构成了综合保税区zui基本的贸易形态。例如，郑州新郑综合保税区内企业生产苹果手机，是世界上zui大的苹果手机组装厂，全球大约一半以上的苹果手机都来自郑州的富士康工厂。
保税研发是综合保税区内具有研发设计能力的企业，以有形料件、试剂、耗材以及样品等开展产品研发设计的经营活动。区内企业将优惠政策叠加，综合利用研发设备免税及物料保税等政策，降低整体研发成本，增强了科研竞争力。
08港口作业
港口作业主要是指在有港口的综合保税区的口岸作业区内，进行集港调度、货物装卸等口岸作业。
09经海关批准的其他业务
综合保税区在功能概念上可以划分为口岸作业区和保税作业区，区内可以不实施严格的“区中区”式的物理隔离和卡口管理，即两区之间可以是虚拟的边界，货物主要通过电子信息化系统分别进行管理。以直接进出口货物（如一般贸易货物）为例，货物申报一般贸易进口或者出口，不实行保税备案管理，在综合保税区内的监管作业场所履行申报、查验等通关手续后，再出境或者进口至国内，综保区此时仅体现口岸功能。若一般贸易货物出口至综保区内的保税作业区取得出口退税，实行保税备案管理，再通过加工贸易方式进口至国内加工贸易企业，继续进行深加工，解决了进入加工贸易生产链的国内料件无法退税的难题，极大增强了综保区吸引力。
TIPS
综合保税区内企业注意事项
1国家禁止进出口的货物、物品不得进出综合保税区；
2区内企业的生产经营活动应当符合国家产业发展要求，不得开展高耗能、高污染和资源性产品以及列入《加工贸易禁止类商品目录》商品的加工贸易业务；
3列入《禁止进口机电产品目录》且属中国生产并出口的机电产品，如要进入综合保税区进行售后维修，须报商务等部门审核。