海关对转厂的规定是什么？
根据「中华人民共和国海关对外商投资企业进出口货物管监和征免税办法」第二十五条规定：
「外商投资企业进口的料件不得直接转厂加工。如因特殊情况需转厂加工的，应当事先报经海关核准并在海关批准的期限内，将转厂加工的成品、半成品调回本企业。」
同时也规定：「外商投资企业进口的料、件，经生产加工成品或是半成品，如不直接出口而卖断，转让给另一承接加工复出口的企业进行再加工、装配时，进口料、件的企业应当会同该生产企业持凭双方签订的购销或者生?加工合同等有关单据向海关办理结转和核销手续。
从前述规定可知，在海关正式法律上的转厂之意义，与厂东一般台商所称的「转厂」是不同的，而海关正式对「转厂」的名称叫「结转」。笔者去年底在海基会演讲，有位元台商问进口设备卖给另台商之「转厂」要不要补关税?其更是将转厂这名词，用在免税进口设备监管之移转。
海关「转厂」作业在税务上又被称为「深加工」及「间接出口」。根据北京国家税务局的规定，外商投资企业以保税进口的料、件加工成品後不直接出口，而是转让给另一承接进料加工、装配出口的，在向当地海关办理「深加工、二次保税」进料加工登记手册核销手续後，凭海关出具的「出口报关单」，可免征增值税、消费税。也就是外商投资企业间接出口免税的，应提供由海关出具的「深加工两次保税、国内料件结转的出口报关单」、发票、海关核销进料加工手册、转出料件核销手册、再加工装配合同等给税务局。至於外商投资企业以「来料加工」（非三来一补之法律型态）方式收取工缴费，可申请免增值税，但应提供来料加工出口货物报关单、加工合同、收汇凭证。
为加强间接出口免税业务的管理，中国国家税务总局要求，对间接出口?品免税，应建立税务机关之间业务联系制度。各区县分局及直属分局，应在办理完「间接出口」免税审批手续的同时，将间接出口企业免税情况填写「间接出口货物免税业务联系通知单」，并附加商投资企业间接出口免税申报表，通知移送给承接再加工、装配出口企业所在地主管税务机关。不过在实务操作上，又很多地方根本不如此执行