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1、保税制度是一种国际通行的海关制度，是指过经海关批准的境内企业所进口的货物，在海关监管下在境内指定的场所储存、加工、装配，并暂缓交纳各种进口税费的一种海关监管业务制度。
2、主要形式：一是为国际商品贸易服务的保税仓库、保税区、寄售代销和免税品商店；二是为加工制造服务的进来料加工、保税工厂、保税集团。
概念不同：保税区又称加工贸易保税区，即一个国家划出一定范围，在海关监管之下，对制造出口货物而进口的原材料、零部件以及在区内存储、加工、装配后复出境的货物，准予暂缓办理纳税手续。进入保税区货物属于海关保税货物，自进口之日起至全部出口之日止，受海关监管。保税区具有仓储，贸易，加工和展示功能，今后的发展重点是依托口岸强化仓储物流功能。保税区是外向型经济区域，与境外开展业务往来的外向型企业适合在保税区运作。保税仓库，是指经海关批准设立的专门存放保税货物及其他未办结海关手续货物的仓库按照使用对象不同分为公用型保税仓库，即由主营仓储业务的中国境内独立企业法人经营，专门向社会提供保税仓储服务。自用型保税仓库，即由特定的中国境内独立企业法人经营，仅存储本企业自用的保税货物保税仓库仓储货物可以进行包装，分级分类，加刷唛码，分拆，拼装等简单加工，不得进行实质性加工；入库货物的进境口岸不在保税仓库主管海关的，经海关批准，按照海关转关的规定或者在口岸海关办理相关手续。2 两者的操作流程不同：保税区内外进出，视同进出口，即按照一般的有关进出口的管理规定来办理相关手续。
进出区报关，主要有4种情况：（1）保税进口料件以及用保税进口料件生产的成品，半成品进出区：进区要报出口，提供出口报关单，加工贸易保税“登记手册”，相关出口许可证件；出区要报进口，填写进口货物报关单。保税区内加工企业加工的制成品原产地为中国，用进口料件制成的成品、半成品出区要按进口料件比例征税；出区用于加工贸易保税的，进入保税货物报关程序，填写加工贸易保税报关单，提供加工贸易保税“登记手册”，按批准的保税额保税，出区供可享受特定减免的企业使用的，进入特定减免货物报关程序，提供“进口征免税证明”和应当提供的许可证件，免缴进口税（2）进出区外发加工外发加工是指加工贸易保税企业出口产品生产的某一环节由其他企业代为加工业务，保税区企业出区外发加工，或区外企业进区外发加工，需经主管海关核销。进区凭外发加工合同向保税区海关备案，加工出区后核销，不进入进出境报关程序，不填写进出口报关单。不纳税。出区外发加工的，由区外加工企业在加工企业所在地海关办理备案手续，进入加工贸易保税合同备案程序，加工期限*长6个月，需延长的，*长期限为6个月，备案后进入加工贸易保税货物出区报关程序。（3）设备进出区设备进出区均需向保税区海关备案，设备进区不进入报关程序，不缴纳出口税，海关不签发出口退税证明联，设备系从国外进口已征进口税，不退进口税，设备出区外，也不进入报关程序。（4）非保税区其他货物运入保税区应按照一般出口货物办理手续，对属于出口许可证管理的商品还应交验出口许可证，对应征出口税的商品，还应按规定缴纳出口税。对非保税区进出口企业出口到保税区或从保税区进口的货物，海关予以签发进口付汇或出口收汇核销用进出口货物报关单。保税仓库货物进出库，不视同进出口一、保税仓库货物进库通关保税仓库进口货物进境时，收货人或其代理人应持有手写白色进口货物报关单（贸易性质为保税仓库货物1233）一份，保税仓库货物进库清单、保税仓库货物进出库登记表（一式两份）进口合同，进口发票，装箱单。正本提单及海关需要的其他单证；收货人或其代理公司报关员凭主管海关审批同意的 保税仓库货物进库清单进口货物报关单手写联，到预录入公司进行报关单预录入，并向海关通关中心进行电子通关进口申报。保税仓库货物的进口报关单电子数据一律经审单中心集中审核。确定进口货物电子通关的红，绿通道。无特殊情况的，准字进入绿通道，有布控，需查验的则进红通道。*后，现场海关审核，验放报关员持已经预录入的白色进口货物报关单（一式四份），保税仓库货物进出库登记表（一式两份），保税仓库货物进库清单，合同，发票，装箱单，正本海运提单及复印件，外商委托书及港区作业正本提单，其他海关需要审核的有关单证，向现场海关申报。经海关审核同意后，审单员应在进口货物报关单**联批注栏上加盖“同意进库”印章和注明征收监管手续费的审定意见，并加盖关员工号章及审批日期。经审核情况正常的单证，由放行关员进行复核，签退报关单位保税仓库货物进出登记表一份、保税仓库货物进库清单两份及加盖海关放行章和关员工号章的正本港区作业提单，并进行电脑过机放行操作，再由报关单位向预录入公司打印有进口付汇证明联 进口货物报关单一份，交海关加盖圆形“验讫章“ 作付汇凭证。收货人或其代理人持凭主管海关盖章的正本港区作业提单到口岸提货，凭加盖过章的保税仓库进出库登记表和保税仓库清单 办理货物的实际进库和入账手续。
二、保税仓库货物出库通关进口货物存入保税仓库后，其出库的流向一般可分为储存后原装复出口，原状复出口进保税区，加工贸易提取后加工成品出口、向国内销售等情况（1）保税仓库货物进库进口通关存入保税仓库的货物除放弃出库，海关变卖出库外，其流向的保税仓库出库货物应通过预录入报关公司向海关进行电子申报；确定货物电子进口通关的红，绿通道；接单关员审核符合保税仓库出库条件的进口货物时，应在报关单位提交的进口货物报关单海关批注栏中加盖 “同意出库” 印章和批注审单日期，加盖经办关员工号章，对报关单位递交的 保税仓库货物进出库登记表进行出库核对和扣减批注，加盖工号章后随有关单证一并签退报关单位。并对海关留存的保税仓库货物进出库登记表进行同样的操作。对于进库已征收保税仓库中监管手续费的保税货物出库转减免税，转中资企业加工贸易进口的，海关按规定不再重复计征监管手续费，接单关员在进口货物报关单 手写联上批注“进库已征收监管手续费“字样*后，现场海关验放（2）保税仓库货物出库出口通关存入保税仓库的货物复运出境时，收货人或其代理持货主的委托书，填制出口货物报关单手写联一式两份，出口合同，发票，装箱单，保税仓库货物出库核准单，订舱单及原货物进口时经海关签章确认的进口货物报关单，保税仓库货物进库清单等单证上批注“X X海关，该批货物为保税仓库复出口货物，请予以办理有关出口手续“并加盖海关接单员员工号章及 同意出库印章，作关封至出境地海关进行出口申报保税仓库出库货物都应通过预录入报关公司向海关作出口电子通关申报，由审单中心审核，确定出口红，绿通道。货物实际离境或入区后，出境地海关和保税区海关应在规定的工作日签退出口货物报关单或进境货物备案清单，供主管海关核销
也有对跨境电商等新兴业态侵权行为的打击，展示了深圳海关在知识产权边境保护方面的制度创新和执法成效。据悉，深圳海关打击侵权相关工作及案例已入选2021年中国海关知识产权保护**典型案例。