一、对于长期零报税的企业，会被罚款，严重的还会被稽查。首先税务机关会把纳税人纳入重点的监控范围内，然后进行相关的纳税评估，如果被评估发现隐瞒收入，虚开发票等行为的，则就要补缴税款和滞纳金。
二、如果企业长期零报税，可能被税务纳入为走逃户，纳入走逃户很严重，会被纳入重大的失信黑名单中并且对外公告，还会被评定为D级的纳税人，被评为D级纳税人，就得承担D级纳税人的所有后果！
三、如果企业长期零报税，并且纳税人持有发票的，则发票就会被税务降板降量，还要纳税人定期到税务机关进行发票核查。
四、如果企业长期零报税，被税务机关核查到，税务局就会采用成本费用的公司来核定纳税人的收入。
长期零申报如何降低风险？
税务机关是这样说的：为降低税收风险，建议长期零申报，且持有发票的纳税人，主动前往税务机关降版降量。待经营有所好转，再携带资料按规定申请发票增版增量。另外，如果您长期零申报，请一定要做账，因为一旦被查，首要的就是提供账簿。
正确零申报还需要注意什么？
即使真的是按要求进行零申报，也需要做到以下几方面：
① 建立账本方便税务局检查！6个月不经营被工商局查到，要吊销营业执照的！
②按期报税，零申报不等于不申报。就算是小微企业没超过3万的，也要如实报。
③如实报虽然免征增值税，但是跟零申报有区别的！
公司成立后无正当理由超过六个月未开业的，或者开业后自行停业连续六个月以上的，可以由公司登记机关吊销营业执照。因此注册了一家公司，不但不能长期零报税，还不能长期不报税。
