申请人向所在省绿办提出认证申请时，应提交以下文件，每份文件一式两份，一份省绿办留存，一份报中国绿色食品发展中心：
1. 《绿色食品标志使用申请书》
2. 《企业及生产情况调查表》
3. 保证执行绿色食品标准和规范的声明
4. 生产操作规程（种植规程、养殖规程、加工规程）
5. 公司对“基地+农户”的质量控制体系（包括合同、基地图、基地和农户清单、管理制度）
6. 产品执行标准
7. 产品注册商标文本（复印件）
8. 企业营业执照（复印件）
9. 企业质量管理手册对于不同类型的申请企业，依据产品质量控制关键点和生产中投入品的使用情况，还应分别提交以下材料：
(1) 矿泉水申请企业，提供卫生许可证、采矿许可证及专家评审意见复印件；
(2) 对于野生采集的申请企业，提供当地政府为防止过渡采摘、水土流失而制定的许可采集管理制度；
(3) 对于屠宰企业，提供屠宰许可证复印件；
(4)从国外引进农作物及蔬菜种子的，提供由国外生产商出具的非转基因种子证明文件原件及所用种衣剂种类和有效成份的证明材料；
(5) 提供生产中所用农药、商品肥、兽药、消毒剂、渔用药、食品添加剂等投入品的产品标签原件；
(6)生产中使用商品预混料的，提供预混料产品标签原件及生产商生产许可证复印件；使用自产预混料（不对外销售），且养殖方式为集中饲养的，提供生产许可证复印件；使用自产预混料（不对外销售），但养殖管理方式为“公司+农户”的，提供生产许可证复印件、预混料批准文号及审批意见表复印件；
(7)外购绿色食品原料的，提供有效期为一年的购销合同和有效期为三年的供货协议，并提供绿色食品证书复印件及批次购买原料发票复印件；
(8)企业存在生产加工主原料相同和加工工艺相同（相近）的同类多系列产品或平行生产（同一产品存在绿色食品生产与非绿色食品生产）的，提供从原料基地、收购、加工、包装、贮运、仓储、产品标识等环节的区别管理体系；
(9) 原料（饲料）及辅料（包括添加剂）是绿色食品或达到绿色食品产品标准的相关证明材料；
(10)预包装产品，提供产品包装标签设计样。
