根据《保健食品注册与备案管理办法》，保健食品进行注册是需要提交安全性和保健功能评价材料，包括目录外原料及产品的安全性、保健功能试验评价材料，人群食用评价材料；功效成分或者标志性成分、卫生学、稳定性、菌种鉴定、菌种毒力等试验报告，以及涉及兴奋剂、违禁药物成分等检测报告。
根据我国现行的《食品安全法》第三十八条明确规定，“生产经营的食品中不得添加药品，但是可以添加按照传统既是食品又是中药材的物质”。任何不属于既是食品又是中药材的物质，禁止在食品（含保健食品）中添加使用，比如各种药物。
因此保健食品检测主要是功能试验，毒理试验，功效成分含量检测，以及其他如食品污染物检测，微生物检测，致病菌检测，真菌毒素检测。考虑到不少不法商家企业为了牟利，非法添加药物、化学物质提高产品功效，因此保健食品的检测还有一个重要领域是违禁药物的检测。
保健食品合格判定依据标准
GB 16740-1997 保健（功能）食品通用标准。
GB 16740-2014食品安全国家标准保健食品。
