专利侵权诉讼与专利侵权行政查处的相同之处在于：二者均可以要求侵权人停止侵权，即责令侵权人立即停止制造、使用、销售、许诺销售、进口等侵权行为。而它们的不同之处在于：
1.专利侵权诉讼中，法院可以根据原告的请求，判决侵权人支付损害赔偿。而专利侵权行政查处中，不能做出损害赔偿的决定，可以在处理纠纷的过程中针对赔偿的额度进行调解；
2.专利侵权诉讼中，原告可以向人民法院申请诉前禁令。而专利侵权行政查处中，并没有诉前禁令这一程序，其不能在紧急情况下进行诉前的行为保全；
3.专利侵权诉讼属于民事诉讼的范畴，两审即终审。而专利侵权行政查处中，当事人不服行政决定后才能向法院提起行政诉讼，行政诉讼也是两审终审；
4.专利侵权诉讼中，专利权人可以自己向法院申请强制执行生效的判决书。而专利侵权行政查处中，专利权人则需要通过做出行政决定的地方知识产权局向法院申请强制执行生效的行政决定；
5.作为专利权人，通常都会希望侵权人销毁实施侵权行为的模具或者专用设备。专利侵权诉讼中，《民法典》所规定的侵权责任中，没有涉及销毁制造侵权产品的专用设备和模具的相关规定，法院不能支持这一诉讼请求。而专利侵权行政查处中，根据《专利行政执法办法》第43条的规定，地方知识产权局可以做出责令销毁制造侵权产品模具或者专用设备的行政决定；
6.专利侵权诉讼中，由于法院案件数量较多，案件积压通常比较严重，再加上常常都会有“管辖权异议”等程序的拖延，使得案件的结案周期比较长。而专利侵权行政查处中，其纠纷处理的程序相对简单，执法人员既有相应的专业知识，又熟悉相关的法律法规，十分有利于纠纷的快速解决，能够保证执法的效率。