我被公司侵权,应当怎么维权

专利保护目前主要有两种途径：行政执法与司法保护
行政执法：国家行政机关依照法定职权和程序行使行政管理权，贯彻实施国家立法机关所制定的法律的活动。目前这些部门主要有：国家知识产权局、各级工商管理部门、各地方的专利代办处等等
司法保护：人民检察院，法院，公安机关以及司法行政部门等国家专政机构通过依照法律履行职责，所实施的一种专门保护措施。也就是你可以通过起诉对方侵权来保护自己的专利权利。[资政知识产权]
法律依据：《中华人民共和国专利法》
第六十条未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决;不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉;侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解;调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。