近年来，无论是上市公司、非上市公司，还是基金公司，在设计股权架构、员工股权激励方案时，都会考虑选择合伙企业作为持股平台。
这种选择并不是因为合伙企业在分红和减持时税负率比自然人持股更低，而是因为合伙企业可以实现纳税地点转移，可以寻求“税收洼地”，谋求股权转让所得按3.5%核定征收，甚至还能得到当地政府的财政奖励。
近日，，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于深化税收征管改革的意见》，通知中明确强调：
“精准实施税务监管：加强重点领域风险防控和监管。对逃问题多发的行业、地区和人群，根据税收风险适当提高‘双随机、一公开’抽查比例。对隐瞒收入、虚列成本、转移利润以及利用‘税收洼地’、‘阴阳合同’和关联交易等逃行为，加强预防性制度建设，加大依法防控和监督检查力度。”
还有一个大家在利用合伙企业做时一直忽视的问题，那就是合伙企业的“穿透”问题！
那么到底什么是“穿透”呢？我们来通过几个案例来告诉大家“穿透”的含义，以及“穿透”与不“穿透”的具体情形。1 
需要“穿透”的情形
根据《国家税务总局关于<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）第二条规定：
个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
就是说，自然人合伙人从合伙企业取得的以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，这个时候，就需要“穿透“了。
不“穿透”的情形
案例一
自然人股东投资合伙企业，通过合伙企业持股上市公司股权，上市公司分红给合伙企业，再由合伙企业分红给自然人股东，持股期限超过1年，能否按照国税函[2001]84号第二条，单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。根据财政部税务总局证监会公告2019年第78号文件规定，免予缴纳个人所得税。
根据财税〔2015〕101号文件规定的，上市公司股息红利差别化个人所得税政策，仅适用于个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票的股利。自然人合伙人从合伙企业分配取得的上市公司股息红利不能免征个人所得税。
案例二
合伙企业的法人合伙人，再合伙企业收到投资企业的分红时，是否可以适用《企业所得税法实施条例》第八十三条规定“企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。”
根据《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）规定：“二、合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。三、合伙企业生产经营所得和其他所得采取‘先分后税’的原则。”
居民企业投资于合伙企业，通过合伙企业所投资的居民企业分回的股息、红利等权益性投资收益，不是居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，不符合免税收入的条件。
法人合伙人从合伙企业分配取得的投资收益，按照《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》财税〔2008〕159号文件规定计算缴纳企业所得税，不能免征企业所得税。