由于我国基金发展的相对落后，这种基金组织形式还存在管理人、投资人力量不平衡、托管人对管理人的监管不完善、对持有人利益的保护也没有健全的制度等等缺陷
1.基金管理人的行为缺乏约束。可能面临道德风险和法律风险：在契约型基金中，基金管理人的权限非常大，凡是基金买卖的重大投资决策均由基金管理人一手包揽。现行法规中对契约型基金管理人的决策权限及操作行为缺乏明确的规范和约束，投资者的收益高低只能听天由命，任凭基金管理人的良心办事。所谓道德风险是指投资者在购买私募基金之后，基金管理人可能做出不利于投资者的行为选择。这种行为选择可能是损害投资者的利益，如利用投资者的资源为自己的小集团谋取私利，或漠视投资者的利益等。
私募基金管理人的法律风险有如下几种：
(1)违法募集资金：私募基金既不允许进行公开宣传更不能承诺保底，但是有些私募基金管理人为了吸引资金，加大宣传力度游说投资者相信其管理的私募基金没有任何风险，诱使投资者购买基金份额。通过公开的方式进行广告宣传，私募基金与公募基金就没有明显区别了。有的私募基金管理人甚至向投资者承诺保底收益。不管任何形式的私募基金，保底条款都是为《民法通则》、《证券法》、《信托法》等法律所明令禁止的，一旦投资失败，法律并不保护这类保底条款的实现。作为私募基金管理人明知该条款的违法性，却仍以此来吸引投资者，显然是具有欺诈性质。
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