由于合伙企业的自然人合伙人的股权转让所得，是按照财产转让所得项目还是按照个体工商户的生产经营所得项目缴纳个人所得税，各地适用政策不一，存在一定的争议。今天合泰小编就这一问题为大家详细的分析一下。
股权转让案例介绍
甲合伙企业是由一家法人企业和一位自然人出资设立的有限合伙企业。甲企业对某股份有限公司股权投资2000万元，两位合伙人各出资1000万元。之后，甲企业将持有的该公司股权转让，取得转让所得4000万元。两位合伙人各分得转让净收益1000万元。
就这一案例，在自然人股权转让的个人所得税问题上，有两种不同的意见。
纳税人认为，该项投资是以自然人投资者个人的名义出资，取得的股权转让收益不属于该合伙企业的收益，应按利息、股息、红利所得适用20%的税率，计算缴纳个人所得税即应纳个人所得税：(2000-1000)×20%=200(万元)。
税务机关认为，自然人投资者在取得该项股权转让收益时，应作为投资者的生产经营所得，按个体工商户的生产经营所得项目，适用5%～35%的超额累进税率，计算缴纳个人所得税，应纳所得税额：(2000-1000)×35%-0.675=349.325(万元)。两者相差近150万元。
股权转让案例分析
目前，政策上，对自然人从合伙企业取得的投资收益的个税处理有两种形式，即按个体工商户的生产经营所得征收5%～35%的个人所得税，或者按利息、股息、红利所得征收20%的个人所得税。
财政部、国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定的通知》(财税〔2000〕91号，以下简称91号文件)规定，个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%～35%的超额累进税率，计算缴纳个人所得税。
国家税务总局《关于〈个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》(国税函〔2001〕84号)第二条规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按利息、股息、红利所得应税项目，适用20%的税率计算缴纳个人所得税。
这里以把企业注册到苏北地区为例，园区对注册企业增值税以地方留存的50%~70%扶持;企业所得税以地方留存的50%~70%给予扶持;通过入驻园区，企业节税比例可达70%以上。个人独资企业(营改增)小规模的可以申请核定征收，核定个税税率为0.5%;总税负高5%。
实务中，一些地方将合伙制股权基金中自然人合伙人取得的收益，对不执行合伙事务的自然人合伙人，按利息、股息、红利所得项目缴纳20%的个人所得税;对执行合伙事务的自然人合伙人，则比照个体工商户的生产经营所得项目缴纳5%～35%的累进所得税。还有部分地区规定，个人独资企业或者合伙企业的个人投资者，缴纳个人所得税可以申请核定征收，核定综合税率由各地自行规定。
实际情况可能更复杂，普通合伙人如果仅仅管理基金，没有参与基金的投资，按照91号文件规定应该执行5%～35%的个人所得税税率;如果基金管理人也是基金的投资人，则应该就经营所得和投资所得分别核算，对于投资所得按利息、股息、红利所得执行20%的个人所得税税率，对于经营所得则应依照个体工商户的生产经营所得适用5%～35%的税率。
在现有政策下，合伙企业自然人股权转让的两种个税计税方式各自适用，但合泰吴经理更赞同以利息、股息、红利所得项目计算个人所得税。
