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境外直接投资项下外汇登记业务也由银行按规定直接办理，对银行的要求也与境内直接投资基本相同。难点在于银行不但要了解境内机构境外直接投资业务，还要了解境内个人投资境外特殊目的公司的业务。
一、主要业务类型
1.前期费用登记：境内机构在境外投资设立项目或企业前，需要向境外支付的与境外直接投资有关的费用，如缴纳保证金和支付租用办公场地等费用。支付相关费用前需要申请办理前期费用登记。
2.境内机构新设境外企业登记：境内机构在境外新设(含并购)企业或投资项目时，境内机构应办理境内机构境外直接投资登记，即新设境外企业登记。
3.境外直接投资变更登记：境内机构在进行境外投资过程中，会发生义务出资变化(含增资、减资)、实际出资减资、境外标的企业的股东股权转让以及相关主体档案基本信息变化等情况，需要相应申请办理境外直接投资变更登记。
4.境外企业注销登记：境外企业可能因破产、解散、清算、经营期满等原因注销，需要相应申请办理境外直接投资注销登记。
5.特殊目的公司登记：境内居民个人设立特殊目的公司也相应存在登记、变更及注销等业务。
二、操作重点及难点
1.境内机构境外投资时，应登记境内机构投资的第 一层级境外企业，当境内主体通过给第一层级企业增资以便再投资其他境外企业时，要将这部分增量投资叠加在第 一层级的中方投资总额中。
2.银行应审核企业填写的《境外直接投资外汇登记业务申请表》信息，如与《企业境外投资证书》或其他相关主管部门的批复文件或合作合同相关约定信息不一致，原则上不得为其办理相关业务。如有特殊原因，企业应提交相关材料予以说明,并以《申请表》为准办理相关业务。
3.多个境内机构共同实施一项境外直接投资的，由约定的一个投资主体向其注册地银行申请办理变更登记，其他境内机构无需重复申请。
4.变更登记前，银行应认真核实系统登记信息是否与企业实际投资情况相符。如不相符,银行应向当地外汇局报告，待信息调整正确后再进行变更登记。企业登记业务完成后，银行应通过“综合查询-历史协议查询”查看本次登记的信息及全貌信息是否与企业实际情况相符。如不符,银行应暂缓向企业发放《业务登记凭证》,并向当地外汇局报告，待信息调整正确后再发放《业务登记凭证》。
5.减资或转股登记时，应区分减资或转股的标的是义务还是实际，并区分不同系统功能模块办理。在转股同时包含义务和实际的情况下，应先办理转实际，再办理转义务。
6.在变更登记业务后续可能发生跨境流动的情况下，会生成新的业务登记凭证。比如，中转外(实际)和外转中(实际)业务，都会生成相应的业务登记凭证。对于义务出资的变更，由于只是对原有义务出资额度的更改，所以生成的业务登记凭证上的编码不变。
