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五，有限合伙企业合伙人其他纳税注意事项
1、合伙企业留存所得即使当年不分配，也需要缴税
从合伙企业分得的应税所得，并非指合伙企业实际分配，而是按照合伙比例计算的应纳所得，即无论合伙企业是否实际分配，均需按照合伙比例计算合伙人当年实现的应纳税所得额。其中：
①合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
②合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
③协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
④无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
⑤合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
政策依据：《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）。
从企业留存收益纳税规定角度分析，公司制纳税主体可选择不进行利润分配，以避免或推迟股东个人发生个人所得税纳税义务，甚至直接将未分配利润转增股本用于企业再投资。有限合伙制企业投资者取得的收益无论是留存还是已经分配都需要缴税，导致投资者应纳税所得额偏高，并且较公司制企业增加了再投资的成本。
2、自然人合伙人通过多层合伙体取得的投资收益
根据国税函[2001]84号第二条规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。但是国税函[2001]84号只解决了单层的合伙企业“利息、股息、红利”的法律属性问题，那么对于多层的合伙形式实体，“利息、股息、红利”的法律形式能否穿透，维持不变，也是当前合伙企业合伙人关注的问题。
3、合伙企业份额变动的税收政策。
到目前为止对转让合伙企业份额的合伙人如何征税，我国税法没有明确规定。但在实践中主要做法是对合伙人按照“财产转让所得”征收所得税，允许税前扣除财产原值和合理费用。即根据现行个人所得税政策，自然人合伙人转让投资资产按“财产转让所得”和20%的税率缴纳个人所得税。如广州市制定了《个人所得税若干征税业务指引[2010年]》（穗函[2010]141号），指引中规定：“个人独资企业和合伙企业投资者转让其在企业财产份额，应以其转让收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按照‘财产转让所得’项目适用20%税率缴纳个人所得。
4、不同清算项目不能实现盈亏相抵。
合伙企业通常会采用分散投资、组合投资的方法，实践中有时合伙企业先回收资金的项目赢利，后退出项目亏损，经清算后企业总体亏损。而我国个人所得税制目前采用的是分项税制，而非综合税制。自然人合伙人无法将不同的投资项目的盈利和亏损相抵。即便是在总体亏损大于盈利的情况下，还是需要就盈利部分缴纳个人所得税。
仅实施清费立税、继续从量计征的税目有5个，主要是税源分散、计税价格难以取得的砂石、粘土等。据税务总局财产和行为税司负责人介绍，在河北省通过费改税还实施了征收水资源税试点。上述129个改革税目，全国8月份共有62479户纳税人申报缴纳资源税亿元，其中，124个从价计征税目收入亿元，占84%；
是否未经审批在国家规定实施准入特别管理措施中所列的限制投资领域开展投资经营活动；是否存在触发国家安全审查的情形；是否，出租、出借、转让《备案回执》；是否履行商务主管部门作出的决定。第二十条检查时，商务主管部门可以依法查阅或者要求被检查人提供有关材料，被检查人应当如实提供。第二十一条商务主管部门实施检查不得妨碍被检查人正常的生产经营活动。
或在进行备案时存在重大遗漏的，商务主管部门应责令限期改正；逾期不改正，或情节严重的，处3万元以下。外商投资企业或其投资者违反本办法的规定，逃避履行备案义务，在进行备案时真实情况、提供误导性或，出租、出借、转让《备案回执》的，商务主管部门应责令限期改正，并处3万元以下。违反其他法律法规的，由有关部门追究相应法律责任。