食品微生物是与食品有关的微生物的总称。包括生产型食品微生物（醋酸杆菌，酵母菌等）和食物变质（霉菌，细菌等）和食源性病原微生物（大肠杆菌，肉毒杆菌等）。食品微生物与人类关系紧密，对食品微生物的了解、利用、和防治在很早以前就有很大的进展了。
食品微生物检测
由于微生物具有种类繁多、分布广泛、代谢能力强、生长繁殖快、易培养、易变异、适应能力强等特点，存在于食品加工、餐饮业等各个环节中，微生物指标如不能达到相关标准，则将危害人类健康，食品微生物检测已是食品安全检测的中的重要项目之一。
检测项目：
阪崎肠杆菌、产气荚膜梭菌、大肠埃希氏菌、大肠菌群、单核细胞增生李斯特氏菌、粪大肠菌群、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌、菌落总数、霉菌和酵母、乳酸菌、沙门氏菌检验、商业无菌检验、志贺氏菌、蜡样芽胞杆菌、β型溶血性链球菌、肠杆菌科检验、耐热大肠菌群、铜绿假单胞菌、微生物限度
检测标准：
GB 4789.40-2016食品安全标准 食品微生物学检验 阪崎肠杆菌检验
GB 4789.13-2012食品安全标准 食品微生物学检验 产气荚膜梭菌检验
GB 4789.38-2012食品安全标准 食品微生物学检验 大肠埃希氏菌计数
GB 4789.3-2016食品安全标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数
GB 4789.39-2013食品安全标准 食品微生物学检验 粪大肠菌群计数
GB 4789.10-2016食品安全标准 食品微生物学检验 金黄色葡萄球菌检验
GB 4789.7-2013食品安全标准 食品微生物学检验 副溶血性弧菌检
GB 4789.35-2016食品安全标准 食品微生物学检验 乳酸菌检验
GB 4789.41-2016食品安全标准 食品微生物学检验 肠杆菌科检验
GB 4789.35-2016食品安全标准 食品微生物学检验 沙门氏菌检验
GB 4789.14-2014食品安全标准 食品微生物学检验 蜡样芽胞杆菌检验
GB 4789.11-2014食品安全标准 食品微生物学检验 β型溶血性链球菌检验