排污许可证申请办理流程：
第①步：排污单位点击“许可证申请”进入许可证申请页面。
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第二步：在许可证申请页面内点击“我要申报”按钮进入申请资料填写页面。
第三步：根据填报页面左侧导航，一步一步填写许可证申请信息，一个页面填写完成后，点击页面下方的“下一步”按钮，填报下一页的内容，也可以点击“暂存”按钮，保存当前填报信息。
申请填报包括14个页面的内容，分别为：排污单位基本情况；排污单位基本情况-主要产品及产能；排污单位基本情况-主要燃料及原辅材料；排污单位基本情况-排污节点、污染物及污染治理设施；大气污染物排放信息-排放口；大气污染物排放信息-有组织排放信息；大气污染物排放信息-无组织排放信息；大气污染物排放信息-企业大气排放总许可量；水污染物排放信息-排放口；水污染物排放信息-申请排放信息；环境管理要求-自行监测要求；环境管理要求-环境管理台账记录要求；地方环保补门依法增加的内容；相关附件。
请按照页面顺序进行填报。在填写主要产品及产能，主要燃料及原辅材料，排污节点、污染物及污染治理设施相关表单内容时，系统会默认当前填报内容为企业注册时填报的行业类别下的内容（填写时可选择的下拉菜单为注册时填写行业的下拉菜单），若当前申请单位涉及多个行业，请先选择企业所在行业，再依次进行填报。
主要产品及产能信息表中，生产设施和产品都与主要工艺相对应，请分别添加主要工艺，及其对应的生产设施和产品。
生产设施编号、污染治理设施编号、排污口编号为企业自行编制或填写当地环保补门统一印发的编号。请注意相同的设施和排放口填写相同的编号，不同的设施和排放口填写不同的编号，一次填写一个编号，请勿将多个编号写在一个文本框内。
为了满足各地管理要求的差异，所有表单中都新增了其他信息列或备注信息文本框，若有对应表格中无法囊括的信息，可根据实际情况填写在其他信息列或备注信息文本框中。
第四步：发布许可申请前信息公开。
排污单位填写完（1）排污单位基本信息；（2）主要产品及产能；（3）主要原辅材料及燃料；（4）排污节点及污染治理设施；（5）大气污染物排放信息-排放口；（6）大气污染物排放信息-有组织排放信息；（7）大气污染物排放信息-无组织排放信息；（8）大气污染物排放信息-企业大气排放总许可量；（9）水污染物排放信息-排放口；（10）水污染物排放信息-申请排放信息表格相关信息后，可在本系统进行许可申请前信息公开，系统也会给予填报提示。
在业务办理页面，点击“信息公开”模块。
点击“许可申请前信息公开发布”按钮，填写发布起止时间。
填写完成后，点击“发布”按钮，系统自动向国家排污许可信息公开平台发布一条申请前公开内容。包括排污单位填报的10张表单内容和相应的PDF文件。
信息公开期间排污单位不可以修改上述10张表单的内容，不可提交申请，但是依旧可以编辑自行监测、环境管理台账记录要求和地方环保补门依法增加内容的信息。信息公开时间截止，用户可以再次编辑填报内容。
信息公开期间用户可以撤销发布内容，系统留痕保存，用户可以再次提交发布内容。
排污单位可以进入信息公开模块实时查看用户反馈意见。
许可申请前信息公开除了可在本系统发布外，也可通过电视、广播、报刊、公共网站、行政服务大厅或服务窗口等其他形式进行公开发布。
第五步：
许可申请模块所有信息填写完成后，点击“提交”按钮，确认提交后，业务申请填报完成，申报信息提交给管理部门审核。排污单位在提交申请页面，可下载排污许可证申请表。
申请信息统一提交给企业所在区域市级环保补门（直辖市为区县环保补门），由市级环保补门（直辖市为区县环保补门）分发处理。
第六步：
未提交：已填写申请，但还未提交，可点击操作列的“继续申报”按钮完成业务申报。
已提交等待受理：排污单位的许可证业务申请已提交成功，等待受理中。
审批中：排污单位的许可证业务申请已受理，正在审批环节。
审批通过：排污单位的许可证业务申请已审核通过，排污单位可在各地规定期限内去相关部门领取审批意见和排污许可证正、副本。
补件：排污单位业务办理资料不全，需补齐资料后再次提交申请。
不予受理：企业提交审批部门有误，审批部门打回不予受理。
审批不通过：排污单位不符合《排污许可证管理暂行办法》有关规定，不予办理排污许可证。
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