发票在当月处理可以直接申请作废发票，如果是跨月处理只能申请红冲发票（负数发票）。
发票作废、红冲的流程：要确认您是有税控设备自开发票，还是税务局开发票！
一、税控设备自开发票：
1、当月发现发票问题，当月在“开票软件系统”，“发票作废”模块，找到需要作废的发票号码，直接点击“作废”即可。
2、跨月次月发现发票问题，在“开票软件系统”，左上角“红字发票”模块，点击“红字发票填开”，并输入需要作废发票的代码和号码，按照流程操作并提交；到“红字发票信息表导出”模块，点击“上传”；再到“发票填开”，点击“红字”，导入红字信息表，系统自动生成“销项负数”发票后，找到相应发票号码，点击打印即可。如需要重新开具发票，就按正常流程开具正确发票即可。
二、税务局开发票：
1、当月发现发票问题，当月应在预约税务局（发票在哪一个税务局打印就约哪一个税务局）现场办理号，办税人本人携带身份证原件、发票原件（专票三联、普票两联都要齐全）、营业执照、公章、发票作废申请表、发票章，在窗口办理发票作废处理！（需要作废的发票自行复印几份留底，因为需要上缴作废发票的原件给税务局）。
2、跨月次月发现发票问题，预约税务局（发票在哪一个税务局打印就约哪一个税务局）现场办理号，办税人本人携带身份证原件、发票原件（专票三联、普票两联都要齐全）、营业执照、公章、发票红冲申请表、发票章，在窗口办理发票红冲处理，税务局会把销项负数发票给公司。
（需要作废的发票自行复印几份留底，因为需要上缴作废发票的原件给税务局）。
在税务局开的发票，在窗口办理当月作废或者跨月红冲后，如果是开具的专用发票，已经缴纳了增值税和附加税的情况下，在当季度申报完增值税后，再预约一个所属税局的现场办理号，申请退税！办税人携带本人身份证原件、营业执照、公章、退抵税申请表等等，在窗口办理申请退税，提交后，如果数据无误，在1个月内会把税金退还！