个体、个独负责人、合伙企业的个人合伙人取得的所得缴纳个税有两个税目：“经营所得”、“利息、股息、红利所得”，并没有“工资、薪金所得”这个税目。因此在计算经营所得应纳税所得额时，个体、个独负责人、合伙企业的个人合伙人的工资薪金支出不能扣除。
根据《中华人民共和国个人所得税法》、《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）和《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）的规定，合伙企业合伙人从合伙企业取得的所得，应比照“经营所得”计算缴纳个人所得税，不属于工资薪金所得。
业主（或者合伙人）每月领取的“工资”，实质是经营所得，提前领取而已。
若是给投资人（或者合伙人）发放了工资薪金，在计算个体户、个人独资企业负责人以及合伙企业合伙人的应纳税所得额时，应将投资人（或者合伙人）的工资调增个体户、个人独资企业、合伙企业的经营所得后确定应纳税所得额，然后由自然人投资者按照经营所得计税办法计算个人所得税。
参 考
1、北京税务答疑：合伙企业的合伙人是自然人，在公司任职，能按工资薪金扣缴个人所得税吗？
答：根据《中华人民共和国个人所得税法》、《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）和《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）的规定，合伙企业合伙人从合伙企业取得的所得，应比照“经营所得”计算缴纳个人所得税，不属于工资薪金所得。
2、根据《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）第二十一条规定：个体工商户实际支付给从业人员的、合理的工资薪金支出，准予扣除。个体工商户业主的费用扣除标准，依照相关法律、法规和政策规定执行。个体工商户业主的工资薪金支出不得税前扣除。
3、问：
1、个体工商户户主本人的工资、薪金要不要通过《自然人税收管理系统扣缴客户端》申报代扣代缴个人所得税？还是通过经营所得直接扣减6万元费用申报，不通过综合所得申报？
2、个体工商户下面的从业人员的工资、薪金要不要通过《自然人税收管理系统扣缴客户端》申报代扣代缴个人所得税？
