水系沟通目的主要包括：一是打通断头河；二是增加水体流动性；三是拓宽引排河道卡口段；四是提高防洪排涝能力；五是充分利用河水等调蓄功能；六是改善水环境。进行水系沟通中，需要注意明确沟通目的以及沟通要点，其中沟通要点即恢复河流故道以及扩大重要节点，水系沟通工程内容主要包括以下内容：①在水系沟通中需要对引排水渠道进行整治，同时整治配套建筑物；②在水系沟通中需要拆除阻水堰坝；③在水系沟通中需要改造阻水桥梁；④在水系沟通中需要将控制性建筑物进行拆除或者改建。
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河道综合整治过程中还包括河道清障工程、岸坡整治工程、堤防加固工程、截污治污工程，其中河道清障的主要内容是清理河道，使得河道行洪断面范围内的阻水灌木和乔木等得到有效清理。另外，违章开垦和种植农作物、违章占用河流滩地上房屋等构筑物，以及丢弃的固体生活垃圾等也属于河道清障的主要内容，都需要进行有效清理。
岸坡整治工程的目的是稳定河道以及防止冲刷，在进行岸坡植被规划时需要尽量利用本地植物并根据河道常水位以及洪水位变化进行合理布局，目的是避免出现外来植物入侵危害。在堤防加固工程中需要通过水利计算确定河道允许泄量要求以及设计相应洪水位。在截污治污工程中需要将污染物进行分类并进行相应的水质处理。