河道破坏严重，结构趋于简单化
①河道岸线：在我国江南河网密度高的地区，裁弯取直设计理念把河流自然状态的弯曲形状改变成直线，使得自然河流中主流、浅滩和急流相间的格局改变。呈现河道单一化、河网主干化。②河道断面：过去片面地强调防洪功能，在横断面上，改造过的河床常用输水性能好又便于施工的梯形断面，河道平直、护岸整齐划一，使得水流流速均一化；河道疏浚工程主要关注清淤工程量，往往忽视原有河道断面的生态合理性，使得河道断面出现均一化倾向。③河道护岸：因以往的护岸工程主要考虑河道的行洪速度、河道冲刷、水土保持等功能，往往采取硬质护岸，使得迎水坡面被封闭起来。
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城市内部河流的问题
（1）城市河道水质污染严重
水污染是城市河道面临的大问题，工业污水、生活污水、农业污水等一系列的污染源严重毁坏着城市河道的水质。许多制造业企业由于过度追逐利益，工业生产污水未经处理或处理不完全就直接排进城市河道中，这些企业污水中含有很多有毒物质或者重金属元素，会使城市河道中的水生物平衡遭到破坏，严重影响了城市河道的水质。
生活污水和农业污水是经常被忽略的一类污染源，由于人类生活中一些富含营养元素的污水被排放到城市河道中，会引起城市河道中富集营养元素，打破生态平衡，使水质遭到破坏。（2）城市大面积的扩张占用了泄洪设施
我国许多城市的城建规模相当庞大，需要大面积的土地，于是，政府就动员把原本用于保护城市的泄洪区，蓄洪区建成商品房，这严重的破坏了城市的结构，造成了隐患。许多土地的硬化也不利于城市内部的排污，泄洪。