空调系统应能够对洁净实验室的净化等级参数进行综合控制
洁净空调系统分为集中式与分散式，集中式洁净空调系统又称中央空调，所有空气处理设备(风机、粗、中、高效过滤器、加热器、冷却器、加湿器、除湿器和制冷机组等)都集中在空调机房内，通过输送管道将精密控制处理后的空气分配给空气末端装置，送到净化实验室里，以不同换气次数和气流形式来实现洁净实验室不同的洁净级别。
这种空调系统热源和冷源集中，对空气的基本参数的调整易于实现，它处理空气量大，也便于净化参数控制，运行可靠，是目前大型集群式净化实验室的方式。
分散式洁净室空调系统大多局限于局部实验室需要净化处理的情况，把单独的空调处理系统安置在净化实验室或净化实验室的不同区域，在出风口通过各类过滤器和净化装置如风机过滤单元(FFU)对空气进行净化处理，每一个末端处理系统可以单独对空气参数进行调节，也可以实现对不同净化实验室净化等级的控制。
空调通风系统必须使洁净实验室维持一定正压或负压
洁净实验室中，机械仪器设备洁净室和一般生物洁净室都是采用正压维持,但对于使用有毒、有害气体或使用易燃易爆溶剂以及其他有特殊要求的洁净实验室则采用负压控制。