保税仓库（保税存放进口货物）和出口监管仓库（保税存放待出口货物）是保税物流的基本形态和载体，特殊区域与这两者相比，主要是整合、集成、拓展了“保税仓库”和“出口监管仓库”功能，即货物从境外进入中心内实行保税，从境内进入中心享受出口退税，在中心内还能开展如保税仓储、简单加工和增值服务、国际物流配送、进出口贸易、国际中转和转口贸易、物流信息处理等多项业务，海关还赋予保税仓库一定的口岸功能。
随着产品内涵的扩展，市场竞争已从单纯的产品竞争扩展为产品+质量+服务的竞争，供应链已成为市场竞争的一个重要因素，供应链的安全性亦成为大型企业关注的焦点之一。目前针对企业不同需求，提供“物流中心＋配送中心”保税物流模式，满足了企业对供应链效率和安全的诉求：
一、实现国际采购/配送的物流中心
“保税仓储，物流分拨”，在保税仓库内从事货物的仓储、运输、包装、分销、分拨，建立产品快速营销的渠道。将保税仓储、保税加工、保税生产、保税贸易融为一体，打破传统模式，及时配送国际产品，降低生产商、进口商、代理商相关产业链的运营成本。
二、支持制造企业的JIT配送中心
从国外进口的物料先存入保税仓库享受保税政策，从国内采购的物料入保税仓库享受退税政策，其后根据生产计划的实时要求从保税仓以一般贸易方式（或加工贸易方式）提取货物直接上生产线。
因保税和退税，企业可以良好的获得价格优势。
据公司评估，与直接从口岸进口和国内直接购买相比，此模式获得了较为可观的效益。具体如下：
一是物料资金年周转次数提升，资金运作效率大幅度提高；
二是物料从生产线发出供货指令至物料上线生产的时间从以往的20小时以上缩短至3小时以内。
三是通过系统设计出的保税仓库物料库存低量又确保了物料供应的不间断，保证了供应链的安全。
模式拓展
（一）对于产业集聚化程度高的行业，由于其生产物料往往具有通用性，可以通过设计行业型或型的保税物流模式来满足其对供应链效率和安全的需求；
（二）对产业区域化程度较高的，可以合理规划建立区域型保税物流模式。