自然环境体系认证程序流程大概上可分为下列四个阶段：
一、审理申请方申请的
认证的部门充分考虑各认证的性、信誉度费用和等方面的原因，随后选择适合的认证，并和它建立联系，明确提出自然环境体系认证申请办理。认证收到申请方的宣布申请报告以后，并对申请方的申请文件开展大体的核查，假如合乎申请办理规定，与其说签署管理方法体系审核/申请注册合同书，明确审理其申请办理。
二、质量管理体系审批
在所有验证环节中，对申请方的质量管理体系审核才是关键的步骤。认证宣布审理申请方申请的以后，快速组成一个审批工作组，并任职一个审核组长，审查组中少有一名具备该审核范围新项目类型的审批工作人员或资*深专家，帮助审查组进行审查工作中。审核工作也分为3步：
1.文件审核对申请方递交的提前准备文档进行系统的核查，这也是执行现场审核基础工作。申请方必须撰写好其自然环境管理体系文件，在审核环节中，如果发现申请方的EMS指南不符合规定，则是由其采取相应改善对策直到符合规定。认证对这种文档开展用心审批以后，如果认为达标，就打算进到现场审核环节。
2.现场审核在实现对申请方文件审查和审批前提下，审核组长要制定一个审核计划，告之申请方并征询申请方的建议，申请方收到审核计划以后，如果对于审核计划的某个条文或布置有不同的观点，马上通告审核组长或认证，并且在现场审核前处理好各种问题。处理好各种问题以后，审查组开始实施现场审核，关键目的就是为了根据对申请方进行了现场参观考察，认证EMS指南、文件和安全操作规程等一系列文件信息具体实施情况，进而来评判该质量管理体系运作实效性，辨别申请方创建的质量管理体系和ISO14001规范是不是相一致。
在执行现场审核环节中，审批工作组天天都要开展内部结构探讨，由审核组长组织，整体质量监督员参与，对本次审批的构造进行全面鉴定，明确现场审核中发现的什么不符状况需写出不符合项报告以及严重度。
3.追踪审批申请方依照审核计划与认证商谈时长改正找到的不符合项，改善对策完毕之后提交认证。认证接到资料后，机构原先审核工作组中的一员对改善对策效果进行实时审批。假如审批结果显示被审批方报的原材料详尽的确，则可进到申请注册时期的工作中。
三、审批并颁发
依据申请注册原材料汇报明细的需求，审核组长对上报材料进行梳理并提交申请注册推荐表，该表后上缴认证开展复核，假如达标，认证将制定并派发资格证书，将这个申请方纳入发证文件目录，申请方能通过各种各样媒体来宣传，并且可以在商品上贴上申请注册标志。
四、监督管理及复核、换领
在资格证书有效期内，认证对发证公司进行监督管理，以确保该质量管理体系合乎ISO14001规范标准，并能、高效地运作。证书有效期满后，或是公司的认证范围、方式、机构性质等存在重大变化后，该认证审理公司的换领申请办理，以确保公司不断完善和优化其质量管理体系。
