跨境物流内部环节的协同效果较差在跨境物流的领域内，包含细分的国内、国际物流和目的地物流等分支，而一段完整的跨境电子商务物流业务过程大概率会涉及上述多个分支之间的衔接与协同。这就对物流资源的分配、利用和整体运行效率提出了严格要求。
如在跨境物品运送到目的国时，该国家当地的合作机制不完善，与之缺乏协调合作，导致快递丢失，或没有合理地分配运送公司，致使包裹运送时间加长，费时费力。同时，跨境电商还需要具备外语能力良好和综合能力较强的人才，而当前综合能力强的外语人才相对缺乏。
机场货运设施欠佳。我国机场基础设施建设以保障客运为主，难以满足日益增长的航空货运增长需求。机场货运设施建设主要满足国内货运需求，仅有少数机场针对跨境电商物流特点完善货运设施，跨境电商物流的地面保障资源不足，实际操作流程繁琐，机场*货站处理效率偏低，未能很好满足日益增长的跨境电商物流需求。
目前，国际物流在运输过程中的技术与水平相对较低，大部分企业在进行国际物流货物配送时主要采用铁路、航空以及其他交通工具，在货物运输过程中存在大量的小包裹，但由于我国大部分物流公司规模不大、实力较弱，很多小型包裹无法及时送达客户手中，国际货运的速度和质量都无法得到保证。
