与此相关的成本控制、仓储管理和运输时效等也会因渠道和流程的复杂性而存在不可控风险。较后，完整的跨境电子商务物流供应链关联到的环节和流程从国内的初次交货开始，需要依次经历缴费、海关清关、海外仓储、分拣派送等步骤。国内商品在海外的仓储情况及空间位移都会受不可控因素的影响。整个渠道产业链的打通，乃至环节之间衔接方式的规范与统一都需要在跨境电子商务活动的进行过程中逐步完善和优化。
选择安全的支付方式在跨境电商业务范围内有一些小额支付问题，例如样品费、测试订单费等，此类业务适合选用第三方支付工具。对于中小型跨境电商企业而言，他们的业务量不大，选择第三方支付工具较为合适，这样可以满足自身企业交易的安全性和时效性的需求。
竞争风险竞争风险主要集中在 B2B 和 B2C 这两种跨境电商出口方式，跨境在交易过程中往往存在竞争风险。亿欧智库的数据调查显示，我国部分地区跨境电商企业的死亡率达 78% 。据其统计，全球经济危机后，跨境贸易需求总量在持续**增加，并未如预期下降。环球资源的调查显示，大部分消费者希望出口商能提供定制的产品，也希望买卖双方能够形成长期的贸易往来。
交易过程中会面临很多情况，其中较具有代表性的是知识产权侵权法律风险。 目的地是中国特别行政区。经查验，实际出口货物中有未申报的3M 牌医用 N95口罩 17520 个，案值 17.5 万元。 3M公司认为上述货物涉嫌侵犯其在海关总署备案的知识产权，依法向海关提出采取知识产权保护措施的申请。
