1、注销公司流程非常复杂繁琐
按照《中华人民共和国公司法》的相关规定，企业要经过“成立清算小组——出具清算报告——支付税款和工资——理清债权债务——税务注销——工商注销——银行注销”等一系列环节才能完成注销。
整个注销公司流程下来一般都是5至7个月左右，分公司注销时间为4-5个月左右。如果公司出现一些严重问题，甚至要花费一年时间才能注销。
2、注销来回跑的次数多，且资料要求多
注销公司的时间光国税局注销一般平均要10趟，地税局10趟，工商局也要4-5趟，银行3-4趟，这还是工商代理机构办理的时间，如果不懂流程的小白去办理，估计来回跑的次数会更多，浪费的时间也更多。
另外，需要整理企业所有的账本、凭证、财务报表，上传国税地税报表，如果企业以前的账务没有整理或者没有做，那么还需要补齐全。其次，税局还会核查企业所有的税务问题，看看是否有纳税异常或者抽逃税款的情况。
3、注销的补税情况或者罚款较多
企业注销，要先清算，要先向税务主管机关申报清税，填写《清税申报表》。税务机关受理后应将企业清税申报信息同时传递给另一方税务机关，国税、地税税务主管机关按照各自职责分别进行清税，限时办理。清税完毕后一方税务机关及时将本部门的清税结果信息反馈给受理税务机关，由受理税务机关根据国税、地税清税结果向纳税人统一出具《清税证明》，并将信息共享到交换平台。再依次注销税务登记和工商营业执照。
一般公司注销往往是因为公司出了一些问题才去注销，但注销的时候也会查出一些问题。比如：企业的租金发票开了没有，是否还在那里经营了，企业的租赁合同都找不到，前几年企业的税收偏低等等情况。注销的手续又要增加，费用自然又要增加了。这就是为什么注销公司比注册公司还贵的原因。
