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保税区与自由贸易区的主要区别是：自贸区的政策更优惠，即自贸区可以操作金融资本类项目等，而保税区则没有这种优惠。
追问
正如你所说“即自贸区可以操作金融资本类项目等”这句话是什么意思？是否可以举一个简单的例子来解释！
追答
一般的保税区多是针对进出保税区的货物予以相应的便利措施，而自贸区增添了金融资本项目的优惠政策，换句话说，就是在自贸区内，允许资本类的进入项目进行运作，比如票据市场等资本类的资金进出自贸区不受限制，并可以在自贸区内运作。
保税区，狭义的定义为：海关所设置的或经海关总督批准注册的特定全封闭区域。外国商品在海关监管下(海关颁发仓储手册或来料/进料加工手册)，可暂时不交纳进口关税和不需提供进口许可证存入保税区的保税仓库内。如再出口不需交纳出口税，输入****销售，必须交纳进口税。
广义上，有些国家的保税区也有类似自由港、出口加工区的作用。我国为吸引外资，引进先进技术和先进的管理方法，增加就业机会，扩大出口 贸易，设置的保税区类似于后者，即为外商和国内企业商品提供保税仓库(仓储供来料/进料加工复出口的国外原料,如塑胶粒), 分拨 和投资加工转口 或研究开发方便。
保税区进出货物的监管
（一）对保税区与非保税区之间进出货物的监管
1．从保税区进入非保税区的货物，按照进口货物办理手续；从非保税区进入保税区的货物，按照出口货物办理手续，出口退税按照国家有关规定办理。
海关对保税区与非保税区之间进出的货物，按照国家有关进出口管理的规定实施监管。
2．从非保税区进入保税区供区内使用的机器、设备、基建物资和物品，使用单位应当向海关提供上述货物或者物品的清单，经海关查验后放行。
前款货物或者物品，已经缴纳进口关税和进口环节税收的，已纳税款不予退还。
3．保税区的货物需从非保税区口岸进出口或者保税区内的货物运往另一保税区的，应当事先向海关提出书面申请，经海关批准后，按照海关转关运输及有关规定输。
（二）对区内货物的监管
1．保税区内的货物可以在区内企业之间转让、转移；双方当事人应当就转让、转移事项向海关备案。
2．保税区内的转口货物可以在区内仓库或者区内其他场所进行分级、挑选、刷巾标志、改换包装形式等简单加工。
3．区内企业在保税区内举办境外商品和非保税区商品的展示活动，展示的商品应当接受海关监管。
（三）对区内加工贸易货物的管理
1．区内加工企业应当向海关办理所需料、件进出保税区备案手续。
2．区内加工企业生产属于补动配额管理的出口产品，应当事先经国务院有关主管部门批准。
3．区内加工企业加工的制成品及其在加工过程中产生的边角余料运往境外时，应当按照国家有关规定向海关办理手续；除法律、行政法规另有规定外，免征出口关税。
区内加工企业将区内加工的制成品、副次品或者在加工过程中产生的边角余料运往非保税区时，应当按照国家有关规定向海关办理进口报关手续，并贪污纳税。
4．区内加工企业全部用境外运入料、件加工的制成品销往非保税区时，海关按照进口制成品征税。
用含有境外运入料、件加工的制成品销往非保税区时，海关对其制成品按照所含境外运入料、件征税；对所含境外运入料、件的品名、数量、价值申报不实的，海关按照进口制成品征税。