在国家管理层面，综合保税区（以下简称“综保区”）由国务院批准设立，海关总署牵头国家发展改革委、财政部、自然资源部、商务部、税务总局、市场监管总局、外汇局等部委（局）负责设立审核、联合验收、绩效评估及监督管理。
保税仓库，是指由海关批准设立的供进口货物储存而不受关税法和进口管制条例管理的仓库。储存于保税仓库内的进口货物经批准可在仓库内进行改装、分级、抽样、混合和再加工等，这些货物如再出口则免缴关税，如进入则须缴关税。各国对保税仓库货物的堆存期限均有明确规定。设立保税仓库除为贸易商提供便利外，还可促进转口贸易。
保税仓库，是指经海关批准设立的专门存放保税货物及其他未办结海关手续货物的仓库。
保税仓库按照使用对象不同分为公用型保税仓库、自用型保税仓库。
1.公用型保税仓库：由主营仓储业务的中国境内独立企业法人经营，专门向社会提供保税仓储服务。
2.自用型保税仓库：由特定的中国境内独立企业法人经营，仅存储供本企业自用的保税货物。
3.专用型保税仓库：保税仓库中专门用来存储具有特定用途或特殊种类商品的仓库。
专用型保税仓库包括液体危险品保税仓库、备料保税仓库、寄售维修保税仓库和其他专用型保税仓库。
（1）液体危险品保税仓库，是指符合国家关于危险化学品仓储规定的，专门提供石油、成品油或者其它散装液体危险化学品保税仓储服务的保税仓库。
（2）备料保税仓库，是指加工贸易企业存储为加工复出口产品所进口的原材料、设备及其零部件的保税仓库，所存保税货物于供应本企业。
（3）寄售维修保税仓库,是指专门存储为维修外国产品所进口寄售零配件的保税仓库。
保税区仓储货物范围：
（一）加工贸易进口货物；
（二）转口货物；
（三）供应国际航行船舶和航空器的油料、物料和维修用零部件；
（四）供维修外国产品所进口寄售的零配件；
（五）外商暂存货物;
（六）未办结海关手续的一般贸易货物；
（七）经海关批准的其他未办结海关手续的货物。
保税仓存放的货物一定是受海关监管的，且属于进出口性质的货物，从国内进至保税区相当于是出口性质，而从国外进至保税区则可以保税，无需缴税的。
在这种新型管理模式下,保税仓可以设在保税区外,海关下放部分操作程序,由第三方物流企业自主看保税仓的库存情况,对保税仓实行监管经工商行政管理部注册登记,具有企业法人资格。其中申请公用型保税仓库的企业,经营范围中必须有仓储业务。
保税仓是指使用海关核准的保税仓库存放保税货物的仓储行为。
保税货物主要是暂时进境后还还需要复运出境的货物,或者海关批准暂缓繻號脫的进口货物。保税仓储受到海关的直接监控,说货物也是由存货人委托保管,但保管人要对海关负责,入库或者出库单据均需要由海关签罟出境口岸附近进行。
进出保税区均需提供：箱单，发票，贸易合同，商品申报要素的进区申报及出区申报等。
在地方管理层面，根据国务院要求，各省、自治区、直辖市人民政府是综保区申请设立、规划建设、运行管理的主体。海关、税务、外汇、应急管理、环保、市场监督管理等部门各司其职、分工协作。海关在综保区依法实施监管，不影响地方政府和其他部门依法履行其相应职责。例如，海关仅负责对综保区内企业及进出区交通运输工具、货物及其外包装、集装箱、物品实施监督管理；又如，综保区内企业产生的未复运出境的固体废物，由按照国内固体废物相关规定管理。
