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产生这个政策分野的源头是《财政部、国家税务总局关于印发〈出口货物退(免)税若干问题规定〉的通知》(财税〔1995〕92号)的规定：“对非保税区运往保税区的货物不予退(免)税。”《财政部、国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》(财税〔2012〕39号)废止了92号文件，但39号文件**条第二款规定的出口货物范围中，只列明了出口报关进入出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、珠澳跨境工业区、中哈霍尔果斯国际边境合作中心、保税物流中心(B型)这些特殊区域，其中仍不包括保税区，也就是意味着进入保税区的货物不视作出口货物，也不能享受出口退税政策。
保税区与综合保税区的区别二：
综合保税区内企业不能认定为一般纳税人，不能使用增值税专用发票。对于从事货物生产和加工劳务的企业而言，由于综合保税区具有“境内关外”的身份，注册在综合保税区内的企业无法认定增值税一般纳税人资格，不能使用增值税专用发票。保税区则不然，正如前面所述，境内区外的货物进入保税区无法享受出口退税政策，只能按内销处理，保税区内的企业可以认定增值税一般纳税人并使用增值税专用发票。
对于综合保税区内企业不能够认定一般纳税人和使用专用发票，目前并没有文件直接明确，现行的管理主要是基于政策原理出发而来。《中华人民共和国增值税暂行条例》界定在中华人民共和国境内销售货物或提供加工修理修配劳务及进口货物的纳税人为增值税纳税人，对于这个“境内”的概念，《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》明确是指销售货物的起运地或所在地在境内，还是没有更明确的地理范围界定。《国家税务总局关于出境口岸免税店有关增值税政策问题的通知》(国税函〔2008〕81号)规定：“增值税暂行条例实施细则第七条规定的‘境内’，是指中华人民共和国关境以内”。根据这一点，综合保税区因其“境内关外”的身份，我们可以明确其区域内的企业不属于增值税境内的范围，区内的企业也不作为增值税纳税人。但该文件已于2011年依据《国家税务总局关于公布全文失效废止部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》而废止，目前尚无新的政策文件明确增值税的境内是否就是关境。从综合保税区自身定位和出口退税政策的实施来看，增值税的境内等于关境这个范围是符合增值税政策原理和管理实际的。
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从区情看,“十四五”时期南昌综合保税区发展已站在新的历史起点,既带来一系列新机遇,也带来一系列新挑战。战略机遇主要如下:一是新一轮科技革命和产业变革正在孕育兴起,新产业、新业态、新模式加速涌现,为推动我区高质量发展提供了产业升级机遇。二是国家加快构建以国内大循环为主体、国内国际双循环相互促进的新发展格局,促进综合保税区高水平开放高质量发展,打造具有国际竞争力和创新力的对外开放新高地,为我区提升开放门户功能提高了内外动力。三是长江经济带、江西内陆开放型经济试验区、赣江新区、中国(南昌)跨境电子商务综合试验区等国家战略,以及大南昌都市圈深入推进,为我区更高水平的改革开放提供了前所未有的政策红利。