ISO14001审核工作大致可分为3个步骤：
1.文件审查：对申请人提交的准备文件进行详细审查。一般来说，文件审核是进行现场审核的基础工作。申请人必须准备其环境管理体系文件。在整个审核过程中，如发现申请人的EMS指南不符合要求，将采取措施予以纠正，直至符合要求。认证机构对此类文件进行仔细审核后，如果认为符合条件，将提前准备进入现场审核流程。
2、现场审核在对申请人的文件审核和批准过程中，审核组长应当制定审核计划，通知申请人并征求申请人的建议。申请人收到审核计划后，若审核计划未获批准，如在某些规定或任务中有不同的建议，应立即通知审核组长或认证机构，并在现场审核前处理好此问题。处理完这一问题后，审核组宣布实施现场审核。主要目的是根据对申请人的现场检查和检查、认证EMS指南、程序文件和安全操作规程等一系列文件的具体实施情况进行环境评议。管理体系运行的有效性，以识别申请人创建的环境管理体系是否符合ISO14001规范。在进行现场审核的全过程中，审核工作组必须每天进行内部讨论。审核组长和全体审核员报名参加审核，对审核的结构进行全方位的评价，现场识别等待审核的人员。任何不符合项都需要写出不符合项报告和更严重的级别。
3.跟踪和审查申请人。根据审核计划，与认证机构协商纠正发现的差异的时间，并在纠正措施落实后提交认证。认证机构收到原材料后，由机构原审核工作组成员对整改措施的实际效果进行跟踪审核。审核认为被审核方报告的原材料详细、准确的，可以进入申请注册工作。
随后，资格证书被批准并颁发。根据申报注册原料的规定，审核组长对申报的原料进行整理，填写申请注册推荐表，上交认证机构审核。证明文件清单，申请人可根据各种媒体宣传策划，并可在成品上加贴申请注册标志。
后，监督管理和审查。换证在资质证书有效期内，由认证机构对发证企业进行监督管理，确保环境管理体系符合ISO14001规范，能够合理运行。资质证书合理到期后，或企业审核范围、方式、机构名称等发生重大变化后，认证机构将对企业的续展申请进行审核，确保企业持续改进和完善其环境管理系统。
