ISO9001质量体系认证流程实施可以分为四个阶段：
一、提出申请
申请者(例如企业)按照规定的内容和格式向体系认证机构(例如世通认证)提出书面申请，并提交质量手册和其他必要的信息。质量手册内容应能证实其质量体系满足所申请的标准(ISO9001:2015)的要求。体系认证机构(例如世通认证)在收到认证申请之日起60天内作出是否受理申请的决定，并书面通知申请者;如果不受理申请应说明理由。
申请提交资料：
1、 认证申请书
2、 质量管理体系手册、程序文件
3、 企业简介、组织机构图、产品工艺流程图、企业职能分配表
4、有效的企业营业执照、组织机构代码证
5、 如产品涉及相关行政许可的，应提供有效的相关证明(如：资质证书、工业生产许可证、卫生许可证、QS证书、CCC证书等)
6、 如企业产品涉及多现场生产或安装，应提供多现场清单
7、 近两年国家或行业主管部门抽查报告(如有)。
二、 体系审核
体系认证机构指派审核组对申请的质量体系进行文件审查和现场审核。文件审查的目的主要是审查申请者提交的质量手册的规定是否满足所申请的标准的要求;如果不能满足，审核组需向申请者提出，由申请者澄清、补充或修改。只有当文件审查通过后方可进行现场审核。
现场审核的主要目的是通过收集客观证据检查评定质量体系的运行与质量手册的规定是否一致，证实其符合标准要求的程度，作出审核结论，向体系认证机构(世通认证)提交审核报告。
三、审批发证
体系认证机构审查审核组提交的审核报告，对符合规定要求的批准认证，向申请者颁发体系认证证书，证书有效期三年;对不符合规定要求的亦应书面通知申请者。
四、监督管理
对获准认证后的监督管理有以下几项规定：
1.标志的使用。体系认证证书的持有者应按体系认证机构的规定使用其专用的标志，不得将标志使用在产品上，防止顾客误认为产品获准认证。
2.通报。证书的持有者改变其认证审核时的质量体系，应及时将更改情况报体系认证机构。体系认证机构根据具体情况决定是否需要重新评定。
3.监督审核。体系认证机构对证书持有者的质量体系每年至少进行一次监督审核，以使其质量体系继续保持。
4.监督后的处臵。通过对证书持有者的质量体系的监督审核，如果证实其体系继续符合规定要求时，则保持其认证资格。如果证实其体系不符合规定要求时，则视其不符合的严重程度，由体系认证机构决定暂停使用认证证书和标志或撤销认证资格，收回其体系认证证书。
5.换发证书。在证书有效期内，如果遇到质量体系标准变更，或者体系认证的范围变更，或者证书的持有者变更时，证书持有者可以申请换发证书，认证机构决定作必要的补充审核。
6.注销证书。在证书有效期内，由于体系认证规则或体系标准变更或其他原因，证书的持有者不愿保持其认证资格的，体系认证机构应收回其认证证书，并注销认证资格。