保税区仓库主要业务如下：
一、发往国外货物因品质或包装退运，须返回工厂检测或维修的;
二、机械设备，机电产品，电子产品，大宗原材料类产品，生产企业出口需要提前办理退税手续，或购买方为国内加工型企业;
三、保税区内国际货运代理业务。在保税区可以开展国际货运代理的业务,就象在保税区外开展国际货运代理业务一样.
四、跨关区转结深加工(转厂)物流业务，保税区与保税物流区及仓库的转关业务:对于很多加工企业,因为核销的缘故,必须先出口到保税区,国内工厂再以手册及一般贸易方式报进口关.而不是直接转厂到*终收货厂家,因为保税的货品转厂手续麻烦.
五、国外批量进口，但生产商VMI管理的，需要分次不同时间段供货;
六、进口设备或原材料，因许可证未办理或购买客户未确认等原因需要在港口滞留;
七、加工型企业因海关要求需要完成手册核销，但料件与成品需要转结或退港的
在深圳出口加工区的仓储有几个明显的优势：
1.深圳出口加工区位于深圳市东北部，境处深圳市大工业区首期开发的西片区，围网面积3平方公里，是经2000年4月批准成立，国内开放度的经济区域之一。当内地的保税物流园区设立之后，由于保税和出口加工政策合一，这些“境内关外”的园区很快取代了香港
2.相对与福保，盐保，以及香港走一日游的形式，加工区更能体现的优势是机动灵活，福保及盐保在时效性的要求很高，要求一定要海关监管车，并且进出都有要求卸货，换车等多种规定。走香港的话就是要大量的时间成本及港车费用。但是在深圳出口加工区就没有这些规定，普通
货车可以报关，一次一日游报关时间只需要30分钟左右，当天来当天走，无需搬卸货，换车，吊柜等动作。通关极为便捷！
3.商检，对于有商检的货物，如海关编码含有B（出口通关单），在从境内区外进出出口加工区的货物，海关不验核（出境货物通关单）署加发（2010）255号文件.这样节省了工厂的人力跟物力。极为方便！
4.退税。对于进入出口加工区的货物，当天报关。为贵司大大解决了资金的压力，资金流通的顺利也为贵司更好的生产。
