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植物病害的防治原则是:消灭病原物或抑制其发生与蔓延;提高寄生植物的抗病能力;控制或改造环境条件，使之有利于寄主植物而不利于病原物，从而抑制病害的发生和发展。一般以预防为主，因时因地根据作物病害的发生、发展规律，采取具体的综合治理措施。每项措施要充分发挥农业生态体系中的有利因素，避免不利因素，特别是避免造成公害和人畜中毒，使病害压低到经济允许水平之下，以求达到蕞大的经济效益。防治的方法和措施主要如下:
1.植物检疫
以立法手段防止在植物及其产品的流通过程中传播病虫害的措施，由植物检疫机构按检疫法规强制性实施。严格执行植物检疫法规可保护无病区，限制和缩小疫区，铲除新传入而未蔓延开的包含病原物在内的检疫性病虫和杂草(见植物检疫)。
2抗病育种
培育抗病品种是经济有效的防治方法。在防治传染快、潜育期短、面积大的气传和土传病害如小麦锈病、稻瘟病、棉花枯、黄萎病等方面应用尤为普遍。为防止抗病品种遗传基因单一化，可利用诱发病圃或人工接种方法，鉴定对不同病原物和不同专化小种的抗病品种，通过杂交，集中多个抗病主效基因于一个或几个栽培品种，并结合农艺性状优良和高产育种，培育出高产优质的多抗性和兼抗性品种。还可利用植物体细胞杂交，导入抗病基因，以及将植物的抗病物质通过细胞质遗传以提高植物的抗病性。
3.栽培防治
改进耕作制度可改变病原物严重发生的生态条件，有利于作物生长发育和提高抗病能力。如轮作可防治棉花枯、黄萎病等土传病害;保持果园田间清洁，可消灭或降低越冬菌量;严禁操作人员在烟草田和番茄田吸烟，移苗或整枝打权前用肥皂水洗手，可防止烟草花叶病毒传染;适期播种、阔窄行密植和增施厩肥和饼肥，可使玉米大、小斑病为害减轻;深沟窄行可降低地下水位和土壤湿度，从而减轻小麦赤霉病;勤灌对控制水稻白叶枯病有较好效果;除草灭虫可减少病原物侵染来源或错开病原物发育的蕞适季节;建立无病种苗基地可防止种苗传病等(见农业防治)。
4.化学防治
应用化学药剂消灭病原物使作物不受侵害的措施（(见化学防治、杀菌剂）。