企业发生异地迁移的现象逐渐增多，其共同点大都是除地址迁移外，其他企业性质不变，并存续生产经营。企业发生异地迁移，正确的操作流程是，涉及主管税务机关变更的，需要在迁出地注销税务登记，在迁入地重新办理税务登记。由于存续方式的特殊性，企业会涉及增值税一般纳税人的期末留抵税额和企业所得税的衔接问题。
增值税处理
企业异地迁移，在迁出地注销税务登记时，没有留抵税额的，结清增值税就不再有衔接问题；有留抵税额的，则需特殊处理。根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）规定，一般纳税人注销时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
因此，企业迁移后存续生产经营的，对其留抵税额需要进行特殊处理。
《国家税务总局关于一般纳税人迁移有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第71号）规定，一般纳税人因迁移并涉及改变税务登记机关，需要办理注销税务登记并重新办理税务登记的，在迁达地保留增值税一般纳税人资格，办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额允许继续抵扣。
因此，有增值税留底税额的一般纳税人在向迁出地主管税务机关办理异地迁移注销时，不能申请留抵税额退税，但一定要取得该税务机关出具的《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》，及时到迁达地主管税务机关办理存续抵扣手续，并申报抵扣。
企业所得税处理
涉及主管税务机关发生变更的异地迁移企业，在迁出地办理税务登记注销时，是否需要清算一直存在争议。《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）规定，企业清算的所得税处理，指企业在不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产等经济行为时，对清算所得、清算所得税、股息分配等事项的处理。笔者认为，除另有规定外，企业异地迁移并存续经营的，不属于该所得税清算范围。
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定，企业将登记注册地转移至中华人民共和国境外（包括港澳台地区），应视同企业进行清算、分配，股东重新投资成立新企业。企业发生其他法律形式简单改变的，可直接变更税务登记，除另有规定外，有关企业所得税纳税事项（包括亏损结转、税收优惠等权益和义务）由变更后企业承继，但因住所发生变化而不符合税收优惠条件的除外。
根据当前适用的纳税服务规范要求，纳税人因异地迁移，涉及改变税务登记机关的，向原主管税务机关提出办理迁出。税务机关结清应纳税款、多退（免）的税款以及滞纳金、罚款、缴销发票及相关税务证件，按规定收缴设备，注销增值税税控系统，办理税务登记注销。笔者认为，这里并没有要求在注销时进行所得税清算。
综上分析，企业在境内发生异地迁移，并改变主管税务机关的，不需要进行所得税清算，但需要结清应纳税款、多退（免）的税款以及滞纳金、罚款等。一般纳税人存在留抵税额的，可以通过《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》在迁入地存续抵扣。同时，对于按照规定可以弥补的以前年度亏损，经核对后，可以存续弥补。
