菲律宾公司商标注册需要进行以下步骤：
1. 在菲律宾知识产权局网站上进行商标搜索，以确保该菲律宾商标尚未被注册。
2. 准备菲律宾商标注册申请，并在IPOPHL网站上进行在线提交。申请需要包括菲律宾商标图案、商标名称、商标描述和申请人信息。
3. 缴纳菲律宾商标注册费用，并将收据附在申请中。
4. IPOPHL将对菲律宾商标注册申请进行审查。如果申请符合要求，IPOPHL将发布公告，以便其他人提出反对意见。如果没有反对意见或反对意见未能成立，菲律宾商标将被注册。
5. 菲律宾商标注册成功后，持有人将获得商标证书，并可以开始使用商标。