是的，医疗器械的泰国认证通常需要在泰国境内注册。根据泰国的法规，医疗器械在泰国市场销售前需要获得泰国食品药品监督管理局（ThaiFDA）的认证和注册。泰国的医疗器械认证程序要求申请人在泰国境内设立一个注册代表，并将产品进行注册和申报。注册代表可以是泰国的法人代表、授权代理商或法律实体。
注册代表负责代表申请人与泰国食品药品监督管理局进行沟通、提交申请和提供所需文件。注册代表还负责确保产品的符合性和合规性，并履行相关法规和法律要求。
如果您计划在泰国市场销售医疗器械产品，就需要在泰国境内设立注册代表，并按照泰国的认证和注册要求进行申请和办理手续。请注意，具体的注册程序和要求可能会根据不同的产品类别和风险等级而有所变化，建议与泰国食品药品监督管理局或专业的咨询机构进行的沟通和确认。
