保税区仓库的功能有如下：
出口拼货，针对大型国际采购商、零售商、国际贸易商在中国进行的全国采购，国内供应商各自完成出口货物到保税区，享受入区退税政策。在保税区仓库可进行货物分拣、包装、更换包装、组合包装、产品检测、贴标。再根据国外客户订单在保税区仓库进行捡料出货，拼柜海运出到国外。
物流分拨，针对国内外两个市场，企业在国内大量采购货物进入保税区仓库完成出口退税，再从保税区仓库配送的全国工厂生产线上。国外进口货物暂存保税区仓库，在保税区仓库进行货物仓储、包装、贴标等，分批征税进口到国内。
转口货物、过境货物仓储。国际转口货物暂存深圳出口加工区保税区仓库，保税区与境外货物出入享受关税豁免政策，利用保税区免税政策取代香港仓储，为企业节约仓储成本、人工成本。
进口食品、红酒、化妆品保税区包装。国外采购货物进入保税区仓库包装、贴标，产品可以征税进口到国内销售，也可以转出国外销售（仓储免税）。
保税区进出口报关、商检、一般贸易进口食品、红酒清关服务。
保税区仓库出租，提供仓储作业、包装、贴标、产品检测等增值服务。
保税仓库存放货物的范围
保税仓库存放的货物如下：①加工贸易进口货物。②转口货物。③供应国际航行船舶和航空器的油料、物料和维修用零部件。④供维修外国产品所进口寄售的零部件。⑤外商进境暂存货物。⑥未办结海关手续的一般贸易进口货物。⑦经海关批准的报数。
