保税区一日游转厂模式运作流程有以下情况：
一般贸易货物—加工贸易货物
源自国内企业与加贸企业货物转厂：出口企业将货物卖给外商或区内企业，以一般贸易方式出口至综合保税区，收取货款、获取退税；国内企业或单位再以加工贸易方式进口，享受保税政策优惠，货物作为保税货物出区。例如，国内出口企业以一般贸易方式将液晶显示器出口至综保区后，再由国内液晶电视企业以进料加工方式申报进口后生产为电视机出口。
一般贸易货物—一般贸易货物
入区申报同上，进口方申报一般贸易纳税后出区。这属于出口转内销，通常原因是外商产品在中国生产，但产权、销售权等由国外总部或指定贸易供应商决定，国内企业只能根据外商指令作业。例如，跨国公司经营全球化，集团内部企业间有时要大量交易，以达到转移利润、增加营业额、合法保税等目的。
加工贸易货物—加工贸易货物
这是常见的“保税一日游”形态，主要是为解决国购料件退税、出口方加工贸易手册核销、改变加工贸易属性等深加工贸易需求。加工贸易出口企业将加贸货物出口至综合保税区，以核销手册（进料加工企业还可以收取货款、获取退税），进口企业再以加工贸易方式进口。出口入区申报贸易方式为加工贸易，进口出区申报同样为加工贸易。
加工贸易货物—一般贸易货物
这也属于出口转内销，申报分别是“加工贸易货物—加工贸易货物”的出口入区及“一般贸易货物—一般贸易货物”的进口出区。例如，某日用品零售商，全球范围采购商品以供应中国众多卖场，国外品牌商品中有80%在各自的中国代工厂生产，该公司在综保区设立全国配送中心，代工厂生产的货物通过“保税一日游”出口至综保区内，该企业同国外品牌商结算、缴税进口后在国内配送。
