政策缺陷
（1）电子商务交易归属管理问题
从电子商务交易形式上分析，纯粹的电子交易在很大程度上属于服务贸易范畴，国际普遍认可归入GATS的规则中按服务贸易进行管理。对于只是通过电子商务方式完成定购、签约等，但要通过传统的运输方式运送至购买人所在地，则归入货物贸易范畴，属于GATT的管理范畴。此外，对于特殊的电子商务种类，既非明显的服务贸易也非明显货物贸易，如通过电子商务手段提供电子类产品（如文化、软件、娱乐产品等），国际上对此类电子商务交易归属服务贸易或货物贸易仍存在较大分歧。因我国尚未出台《服务贸易外汇管理办法》及跨境电子商务外汇管理法规，对电子商务涉及到的外汇交易归属管理范畴更难以把握。
（2）交易主体市场准入问题
跨境电子商务及支付业务能够突破时空限制，将商务辐射到世界的每个角落，使经济金融信息和资金链日益集中在数据平台。一旦交易主体缺乏足够的资金实力或出现违规经营、信用危机、系统故障、信息泄露等问题，便会引发客户外汇资金风险。因此，对跨境电子商务及支付业务参与主体进行市场准入规范管理极其重要与迫切。
（3）支付机构外汇管理与监管职责问题
首先，支付机构在跨境外汇收支管理中承担了部份外汇政策执行及管理职责，其与外汇指定银行类似，既是外汇管理政策的执行者与监督者；其次，支付机构主要为电子商务交易主体提供货币资金支付清算服务，属于支付清算组织的一种，又不同于金融机构。如何对此类非金融机构所提供的跨境外汇收支服务进行管理与职能定位，急需外汇管理局在法规中加以明确，制度上规范操作。
2.操作瓶颈
（1）交易真实性难以审核
电子商务的虚拟性，直接导致外汇监管部门对跨境电子商务交易的真实性、支付资金的合法性难以审核，为境内外异常资金通过跨境电子商务办理收支提供了途径。
（2）国际收支申报存在困难
一方面，通过电子支付平台，境内外电商的银行账户并不直接发生跨境资金流动，且支付平台完成实质交易资金清算常需要7至10天，因此由交易主体办理对外收付款申报的规定较难实施。另一方，不同的交易方式下对国际收支申报主体也产生一定的影响。如代理购汇支付方式实际购汇人为交易主体，应由交易主体进行国际收支申报，但依前所述较难实施；线下统一购汇支付方式实际购汇人为支付机构，可以支付机构为主体进行国际收支申报，但此种申报方式难以体现每笔交易资金实质，增加外汇监管难度。
（3）外汇备付金账户管理缺失
随着跨境电子商务的发展，外汇备付金管理问题日益突显，而国内当前对外汇备付金管理仍未有明确规定，如外汇备付金是归属经常项目范畴或资本项目范畴（按贸易信贷管理）；外汇备付金账户开立、收支范围、收支数据报送；同一机构本外币备付金是否可以轧差结算等无统一管理标准，易使外汇备付金游离于外汇监管体系外。
