报关是海关进出口程序的关键步骤，主要涉及两大类：进出境的运输工具和物品、以及货物本身。由于这两类对象的性质有所不同，它们的报关程序也相应有所区别。
进出口货物的申报
在进出口货物的申报过程中，收货人或发货人，或其代理人，必须在海关规定的时间内完成申报。这包括使用海关指定的格式填写报关单，附上相关的货运和商业文件，并提供允许货物进出口的官方证件。
报关的主要单证有以下几种
1、进口货物报关单2、出口货物报关单进出口货物报关单是指进出口货物收发货人或其代理人，按照海关规定的格式对进出口货物的实际情况做出书面申明，以此要求海关对其货物按适用的海关制度办理通关手续的法律文书。3、随报关单交验的货运、商业单据任何进出口货物通过海关，都必须在向海关递交已填好的报关单。还需提交有关的货运和商业单据，接受海关审核提交的单证是否一致。海关查验无误之后将加盖印章，作为提取或发运货物的凭证。随报关单交验的货运和商业单据有：海运进口提货单；海运出口装货单（需报关单位盖章）；陆、空运运单；货物的发票（其份数比报关单少一份，需报关单位盖章等）；货物的装箱单（其份数与发票相等，需报关单位盖章）以及根据具体的货物的特殊单证。需要说明的是：如果海关认为有必要，报关单位还应交验贸易合同、定货卡片、产地证明等。按规定享受减、免税或免验的货物，应在向海关申请并已办妥手续后，随报关单交验有关证明文件。4、进（出）口货物许可证进出口货物许可证是国家管理货物出境的法律凭证。进出口许可证，包括法律、行政法规规定的各种具有许可进口或出口性质的证明、文件。需要注意的是，向海关提交的许可证并不是一直固定不变的，国家主管部门随时会调整发布，需要时刻留意。
检验检疫制度
自2000年1月1日起，国家出入境检验检疫局和海关总署实施了新的检验检疫货物通关制度，采用“先报验，后报关”的模式。这一变化包括了使用新的印章和证书。
新制度将原卫检局、动植物局、商检局的功能整合为“三检合一”，实施了更为高效的工作流程，包括一次报检、取样、检验检疫、卫生除害处理、收费以及一次发证放行。这也是一个符合guojibiaozhun的新检验检疫模式。
自2000年起，进出口检疫的货物将使用“入境货物通关单”和“出境货物通关单”，并在通关单上加盖特殊的检验检疫章。海关将根据这些通关单放行相应的货物，取消了之前多种放行单和证书的使用。
新的出入境检验检疫证书也正式启用，取代了2000年4月1日之前使用的三种检验证书。海关现要求报关单位提供相应的通关单，以确保货物已接受法定检验，并作为征税、免税、减税的依据。
根据《中华人民共和国进出口商品检验法》规定，所有列入法定检验的商品都需在报关前进行报验。报关时，海关将根据这些通关单上的印章验收商品。对于国家规定的其他管制货物，报关单位需提交由国家主管部门签发的特定批准单证，以便海关审核放行。
进出口货物的查验
查验是通关过程中必不可少的环节。海关查验可分为3种：彻底查验、抽查和外型检验。海关自查验受理起，到实施查验结束，反馈查验结果不会超过48小时。海关查验货物时有3个要求：1、货物的收发货人或其代理人必须到场，并按海关的要求负责办理货物的搬移、拆装箱和重封货物的包装等工作；2、海关认为必要时，可以径行开验、复验或提取货样，货物管理人员应当到场作为见证人；3、申请人应提供往返交通工具和住宿，并支付有关费用，按海关规定交纳规费。
进出口货物的放行
当海关接受了进出口货物的申报，对相关单证资料进行了核查，查验了实际的货物，并在纳税义务人缴纳税费之后，在货运单据上签印放行。需要注意：没有经过海关放行的监管货物，任何单位和个人都不得提取或发运货物。进出口货物因各种原因需海关特殊处理的，可向海关申请担保放行。海关对担保的范围和方式均有明确的规定。
进口报关流程
1、准备报关资料（合同、发票、装箱单、提运单）2、填写报关手写草单。根据报关资料填写一份报关单草单3、打印报关复核表。报关公司根据草单，在QP系统上录入数据，打印出报关复核用单4、发送数据。核对报关资料与复核单无误后，报关公司操作员用报关员卡向电子口岸发送报关单数据5、收到数据回执。海关审单中心接受到数据，初步审核无误后，发送数据回执6、打印出报关单。报关行收到数据回执后，说明海关接受申报，可以在QP系统上打印出报关单一式三联（海关核销联、海关作业联、企业留存联）7、订好报关单。报关员确认后，在报关单上签名、盖报关章，并在各联报关单随附订好海关要求的资料8、现场递单申报。拿订好后的报关单，向现场海关递单申报9、审单。现场海关审核无误后，接受申报10、征税。如进口货物达到征税数额，海关会打出税单给报关员11、交税。企业根据税单到指定银行帐户交税，银行在税单上盖是收讫章（开通网上支付的企业可以网上支付）12、税单核销。现场海关根据银行盖的收讫章核销税单13、选择查验。人工布控--现场海关根据货物的风险值选择是否查验货物（如果是电脑布控的话，那就必须要查验货物）14、放行。海关将查验后的货物或无需查验的货物放行15、提取海关放行后的货物16、结关。海关将上述报关单货物结关，报关行方可打印进口付汇证明联。
出口报关流程
1、签订合同。出口商与外商签订出口合同，确定出口的货物2、联系货代。出口商联系运输公司3、订舱装运。货代根据出口商要求负责安排拖车、订舱、报关、装船等手续4、准备资料。出口商在货物运输前（或运输途中）提供报关资料（出口合同、发票、箱单、报关委托书以及根据货物所受国家海关监管出口需要的证书等），没有进出口权利的出口商可以通过贸易公司代理出口5、正式申报。当货物到达指定出口口岸，进入码头堆场闸口时，开始受到口岸海关的监管码头，电脑会纪录此货柜的进场时间、柜号、封条号、堆场位置等信息，并通过与海关电脑联网受到海关电脑的监控，开始正式向海关申报出口：● 报关公司通过联网电脑向船代根据客户提供资料输入要报关的船名、航次、柜号、订舱号、出口单位名称、收货人名称、货物名称、件数、毛重等资料；● 船代收到资料并审核通过后会自动向海关电脑传输资料；● 海关电脑收到资料后也会自动通过，所有上述资料是由报关公司根据客户提供的内容并且负责审核；● 当海关电脑通过后，打印在空白装船单上，报关公司将装船单上的内容（主要是16位数的运输工具号码及10位数的提运单号码），通过海关允许的录入公司，正式向海关的报关电脑系统申报出口；● 海关报关系统接收到后会交由审单中心负责处理各个口岸传输的报关数据，出口商品绝大多数是由电脑自动审单，只要发送到审单中心，就会自动通过，报关公司在发送前必须严格审核所申报的资料与客户提供的内容完全一致；● 审核通过后，打印出口报关单后，连同报关资料，报关员签字、报关公司盖章，向现场海关递单；● 递单给综合科，综合科在电脑里确认接单，需要征税的货物转给税费组，一般货物转交给风险管理科，风险管理科认为需要查验的货物进行电脑布控，不要查验的货物直接放行，转交给放行组加盖海关印章后出单给报关行；● 报关行将放行条交给码头进行电脑确认海关是否放行，确认后加盖码头确认章，再由报关行将放行条交给船代公司，船代公司根据放行条装船出口；● 船离开港口后，船代公司会在电脑发送一份此船实际装船的舱单资料给海关的报关电脑系统，报关电脑系统与舱单资料对碰一致后才可以向海关申请打印出口外汇核销联及退税联。