集装箱运输是以大型容器将货物集合组装起来，方便大型运输机器装卸搬运，从而更好地实现货物“门到门”运输的一种新型、高效率和高效益的运输方式。
优点一、高效率的运输方式
1)装卸功率高。
2)运输工具利用率高
3)资金周转率高。
4)节省包装运杂等的费用。
5)提高库场使用率。
集装箱运输提高装卸作业效率。由于集装箱的装卸作业适于机械化，其装卸作业效率得到了大幅度的提高。大大缩短了集装箱的站（港）的停留时间，加速了车船的周转和货物的送达。
优点二、高效益的运输方式
1）简化包装，大量节约包装费用。
2）减少货损货差，提高货运质量。
3）减少营运费用，降低运输成本。货损、货差大为减少，货物保险费也随之下降；开展“门到门”运输业务后，可大量节省仓库的建造费用和仓库作业费用等。
采用这种运输方式，更能保证货物运输安全。集装箱运输大大减少了传统运输方式中人力装卸、搬运的次数，这就可以避免人为和自然因素造成的货物破损、湿损、丢失等货运事故，减少经济损失。
优点三、高协作的运输方式
集装箱运输涉及面广、环节多、影响大，是一个复杂的运输系统工程。集装箱运输系统包括海运、陆运、空运、港口、货运站以及与集装箱运输有关的海关、商检、船舶代理公司、货运代理公司等单位和部门。如果互相配合不当，就会影响整个运输系统功能的发挥，如果某一环节失误，必将影响全局，甚至导致运输生产停顿和中断。要求搞好整个运输系统各环节、各部门之间的高度协作。在这种模式下，促进了各部门的良好协作氛围，加大了各部门之间的相互配合。
优点四、多式联运运输方式
集装箱运输简化了货运作业手续。货物采用集装箱运输后，以箱作为货物的运输单元，减少了繁杂的作业环节，简化了货运作业手续。
由于集装箱运输在不同运输方式之间换装时，勿需搬运箱内货物而只需换装集装箱，这就提高了换装作业效率，适于不同运输方式之间的联合运输。在换装转运时，海关及有关监管单位只需加封或验封转关放行，从而提高了运输效率。
集装箱运输较传统运输有着高效率、高效益、高协作、多式联运的优点，能更好的实现“门到门”的物流运输。