对于在德国有实际经营的公司来说（如亚马逊欧洲站网店），则需要进行公司所得税的申报，公司账目必须经过德国执牌会计师的审计，以确保公司账目的真实准确。还需要按照固定周期（月报、季报、年报）申报公司营业税。每个周期的报税截止日期为报税周期次月10日前完成。而德国VAT（增值税）是按月申报。
德国税务部门会依据公司经营情况，对公司的所得税、营业税等进行评估，并发出应缴税款通知。公司需要在收到税务机关的通知后1个月内，缴清所有税款。当该公司在年末递交报税文件后，德国税务机关会根据公司递交的税务申报文件进行税务评定和审核，如果该公司多缴纳了税款，则会向该公司退税，则会要求补税。如果纳税公司对于税金有疑问，则可向纳税机关进行申诉（申诉期限为收到评税信的1个月内），如果行政复议不能解决的，则可通过德国法院裁定解决。
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