一、申请有害物质过程控制管理体系认证证书需要按照一定的程序进行，企业需要建立完善的有害物质管理制度和控制措施，具备相应的生产和管理能力。
二、办理有害物质过程控制管理体系认证证书需要的资料
1、公司的营业执照复印件
2、公司组织架构图、位置图
3、公司总经理，管理者代表，及各部门主管名单
4、公司认证产品范围（包括技术、产量、用途、质量、销售等方面的信息）
5、生产工艺流程图/工作过程简图或工作原理图（生产企业需要提供）
6、有效期内的许可证、资质证书等（复印件）
7、产品标准清单及名称与产品/过程有关的法律、法规
8、有效的公司管理制度文件
9、前三个月内的业务合同3份以上
10、填写一份有害物质过程控制管理体系认证证书申请表
三、通过认证的企业需要加强自身的日常管理和维护，不断完善和改进管理体系，以适应法律法规和标准要求的变化和市场环境的变化。