综保区涉及的税收政策主要有保税、免税、退税、征税等规定。
保税规定。这是综保区基本和核心的税收政策，对进入综保区的境外货物和出口报关入区取得退税的国内货物，以及综保区与其他综保区等特殊区域、保税场所之间往来的货物予以保税。
免税规定。进境的机器设备、模具及零配件，以及区内基建项目或建设厂房仓库所需要的机器设备、基建物资，以及区内行政管理机构、企业自用合理数量的办公用品等免征进口关税和进口环节的税。在通常情况下，综保区运往境外的货物免征出口关税。
退税规定。一是国内的货物、机器设备以出口报关方式入区的，享受出口退税；二是区内企业（增值税一般纳税人资格试点企业除外）生产出口货物耗用的水电气，视同出口货物实行退税；三是区内企业将自用机器设备、模具等运往区外检测、维修时，在区外更换的国产零配件可以退税。
征税规定。一是出区内销的货物，因使用保税料件产生的边角料、残次品、副产品，加工生产、储存运输中产生的包装物料，以及外发加工至区外产生的边角料、残次品、副产品不运回综合保税区的，按照货物实际状态缴纳进口关税和进口环节的税；二是入区的出口货物属于应征出口关税的，应缴纳出口关税；三是享受免税的进口机器设备等，或者国内出口报关的区内机器设备等出区时，若监管年限未满，参照减免税货物补缴税款；四是将区内自用机器设备等运往区外检测维修时更换国产零配件的，海关按照原零配件的实际状态征税；五是供区内企业、行政机构等自境外入区的自用交通运输工具、生活消费用品应纳税。
特殊规定。存在增值税一般纳税人资格试点、内销选择性征收关税、跨境电子商务零售进口商品优惠税率及税额等特别规定。
优惠税率。出区内销的优惠贸易协定项下货物，适用协定税率或者特惠税率；但货物实际报验状态与其从境外入区时状态相比，超出相关优惠贸易协定所规定的微小加工或处理范围的，不得享受优惠税率。
