保税区仓库主要业务如下：
一、发往国外货物因品质或包装退运，须返回工厂检测或维修的;
二、机械设备，机电产品，电子产品，大宗原材料类产品，生产企业出口需要提前办理退税手续，或购买方为国内加工型企业;
三、保税区内国际货运代理业务。在保税区可以开展国际货运代理的业务,就象在保税区外开展国际货运代理业务一样.
四、跨关区转结深加工(转厂)物流业务，保税区与保税物流区及仓库的转关业务:对于很多加工企业,因为核销的缘故,必须先出口到保税区,国内工厂再以手册及一般贸易方式报进口关.而不是直接转厂到Zui终收货厂家,因为保税的货品转厂手续麻烦.
五、国外批量进口，但生产商VMI管理的，需要分次不间段供货;
六、进口设备或原材料，因许可证未办理或购买客户未确认等原因需要在港口滞留;
七、加工型企业因海关要求需要完成手册核销，但料件与成品需要转结或退港的
货物入区申报流程：
1．由保税仓库所在地口岸入境
向海关申报时，须填写“进口货物报关单”，并在报关单上加盖“保税仓库货物”注明“存入保税仓库”，经海关查验后始可将货物存入保税仓库。
2．由保税仓库以外的口岸入境
向海关申报时，需按海关进口货物转关运输管理规定办理转关运输手续。其具体做法由货物所有人先向保税仓库所在地主管海关提出将进口货物转运至保税仓库的申请，主管海关核实后，签发“进口货物转关运输联系单”，并注明货物转运入保税仓库。
