深圳南山科技公司变更股东的代办流程通常包括以下步骤：
准备材料：首先，需要准备一些必要的材料，包括公司章程、股东会决议、股权转让协议、原股东的身份证复印件、新股东的身份证复印件、公司营业执照原件等。这些材料是进行股东变更的基础。
召开股东会议：需要召开股东会议，就股东变更事宜进行表决。股东会议应由代表三分之二以上表决权的股东参加，并做出决议。这是确保股东变更符合公司章程和法律法规的要求。
签订股权转让协议：原股东与新股东需要签订股权转让协议，明确双方的权利和义务。这是保障双方权益的重要步骤。
修改公司章程：根据公司法的规定，股东变更后需要修改公司章程。修改后的公司章程应由全体股东签字并加盖公章。
提交变更申请：将以上准备好的材料提交给市场监督管理部门（或工商行政管理部门），申请变更股东信息。提交申请后，市场监督管理部门会进行审查。
领取新营业执照：如果审查通过，市场监督管理部门会颁发新的营业执照，上面会显示新的股东信息。此时，股东变更手续就完成了。
