一、《珠海经济特区横琴新区条例》规定，横琴新区实施以下税收优惠政策:
(一)除相关规定明确不予免税或者保税的货物外，对从境外进入横琴新区与生产有关的货物实行备案管理，给予免税或者保税;
(二）除相关规定明确不予退税的货物外，内地与生产有关的货物销往横琴新区视同出口，按规定实行退税;
(三）对横琴新区企业之间货物交易免征增值税和消费税;
《海关总署关于支持横琴新区开放开发的意见》的第四项为实施税收优惠政策，支持横琴新兴产业发展，共包括三条措施:
一是实施保税、免税政策。海关支持广东省政府促请国家主管部门尽快牵头研旁究明确凭税或保脱货物的范围，制订不免税或果利的货物清单。对从境外进入横琴与生产有关的货物给予免税或保脱，支持横琴加快发展旅游休闲、商务服务、金融服务、文化创意、中医保健、科教研发和高新技术等产业。
二是实施“企业自主选择应税货物状态”政策。对横琴保税加工货物销往内地，试行按其对应进口料件或按实际报验状态征收关税的政策，促进横琴高新技术等保税加工产业发展。
三是实施出口退税政策。对内地与生产有关的货物销往横琴视同出口，按规定实行退税。