货物空运进口航班落地后，一般货会进入机场一级监管仓库和BGS仓库，如果订舱的时候只签发了主单，没有分单，那么Zui终收货人的报关代理人就要到上面两个仓库去调空运单，这是报关文件之一。
这两个仓库如果清点货物和空运单所承运货物一致，也就是单货一致的情况下，在一个海关和监管仓库共享的系统中录入主单的舱单信息，这两个仓库都位于综合保税区内。综保区的货物在没有海关检疫放行单及电子放行信息的情况下，是无法运出综保区的。
一级监管仓库清点完货物，录完舱单信息以后，第二步是由各自指定的分拨公司将货物运至二级监管仓库，也就是空运单主单上面的收货人。二级监管仓库在清点货物后，向海关系统录入分单的舱单信息。分单显示Zui终收货人。
这时Zui终收货人的报关代理（也就是我们这类清关公司）到二级监管仓库调取空运单的分单，这时不需要主单，分单是报关文件之一，清关公司根据收货人提供的运单（可以是主单也可以是分单，一定是收货人显示为进口单位的运单），箱单，发票，合同及进口货物的品名，税号，其他申报要素等信息，在海关系统录入报关单，发送报关单（可在报关行的办公室完成）。
报关单电子数据会传送到北京海关的审单中心，审单中心根据电子信息核对是否有申报错误，如果有可质疑，要求报关行解释；如果无，就会将通过的信息传送回，清关公司这个时候可以通过系统打印出报关单。
清关公司将报关单和其他文件一起递交到海关大厅的申报窗口，由大厅现场人员继续审核，如无误，出税单，报关行持税单到开户银行交税，也可以网上交税，交税成功后，将税单交回海关核税，核税完毕单据转放行科。如果上述几个科都没有批查货，该批货物海关就放行。
持海关报关申报单，到检疫进行报检，在一栋大楼内。（如果是法检商品，需要先报检后报关，持检疫的通关单才能报关）检疫如果不批查验。在报关文件的运单上会盖有海关和检疫的放行章，持该文件到货物所入的二级监管仓库提货，出综合保税区。完成整个流程。
注意：
①海关申报任何一个环节，海关均可以要求进行货物查验，如果批查，海关的电子查验数据会传送到二级监管仓库，二级监管仓库会将货物送到海关查验仓库，如果查验没问题，货主可以直接到海关查验仓库凭运单的放行章提货。
②检疫批查一般要在海关放行以后，持盖有海关放行章的运单到二级监管仓库自行提货，将货物运到检疫查验中心，在海关查验仓库对面，由检疫查验，无问题后可直接驶出综保区。如果有问题，检疫会扣留货物。
③海关查货一般会核查所有货物，主要是看申报是否属实，品名归类是否准确，数量是否申报有误，如果查验有问题，一般会要求提交说明，解释归类的问题，如果仍达不成统一，会退回审单中心重新归类，涉及补缴税金额过大的，有可能会转到缉私科进行处罚。
关于查验，一般分为查包装盒查货
包装主要是查验木质包装有没有熏蒸标识，防止病虫害；查货主要是检查特殊类商品，活物。我说的都是一般贸易的申报，因为进口有很多种类别，准备的文件不同，程序略有不同，但主要流程大体一致。