横琴贸易公司注册是否免关税，取决于具体的货物进出口税收政策。根据财政部、海关总署、税务总局发布的《关于横琴粤澳深度合作区货物有关进出口税收政策的通知》，合作区内的货物进出口税收政策有一定的安排。
横琴与澳门之间的口岸设定为“一线管理”，对进出境货物采用报备制，不再承担报关、报检查验功能。横琴与内地之间设定为“二线管理”，主要承担货物的进出境报关、报检等查验监管功能。这表明，横琴贸易公司在与澳门的货物进出口方面享有一定的便利，但具体是否免关税还需根据货物的种类、来源和目的地等因素来确定。
此外，横琴自贸区还出台了一系列税收优惠政策，例如企业之间货物交易免征增值税和消费税，以及对在横琴生产、加工的货物经“二线”销往内地的，根据企业申请，试行对该内销货物按对应进口料件或按实际报验状态征收关税政策。这些政策为横琴贸易公司的发展提供了一定的税收优惠。
然而，需要注意的是，具体的税收政策可能会随着时间和政策调整而发生变化。因此，在注册横琴贸易公司前，建议详细了解相关的税收政策和规定，以确保公司能够合法、合规地运营。
