横琴中外合资科技公司的设立流程大致如下：
立项与洽谈：首先，中外双方需要在平等互利、协商一致的基础上进行立项申请和洽谈，明确合资企业的合作内容、投资规模、经营方向等。
签约：在双方达成一致后，需要签订合资合同、章程等法律文件，明确双方的权利和义务。
审批：接下来，需要将相关文件提交给审批机关进行审批。审批机关会对申请材料进行审查，包括合资合同、章程、双方资质等，确保符合法律法规和产业政策。审批机关通常会在三个月内作出是否批准的决定。
登记与注册：获得审批机关的批准后，合资企业需要在一个月内向企业所在地的省级工商部门办理登记手续，领取营业执照。此时，企业需要提交相关证明文件，如批准证书、双方身份证明、合资合同等。完成登记后，企业正式成立，可以开始运营。
需要注意的是，由于横琴是粤澳合作开发区域，澳门居民在横琴注册公司也需要符合外资企业的条件并按照外资企业的性质进行登记注册。因此，在申请过程中可能需要提供额外的材料，如企业可行性研究报告及银行的资信证明等。
此外，中外合资企业的权利机构必须是董事会，且董事会至少有三名以上董事。根据出资人的出资比例，中方和外方都有委派董事的权利。
