一、清关基本流程
根据日本《海关法》规定，进出口货物通常需先运入保税区域，再进行海关申报。海关对申报单证进行审查，必要时会对货物进行检查。缴纳关税后，货物方可获得海关放行并提取。
二、特殊情况处理
特定货物如散装货物、快速处理的航空货物（如蔬菜和鱼类）以及经风险管理认可的“特例企业”的货物，可不进入保税区域。贵重品、危险品、易变质或损坏的货物，以及因展览会受时间限制的货物等，在提供关税担保并获关长同意后，可先行提货。
三、特例申报制度
为提高通关效率，日本实施特例申报制度。符合安全性管理和遵纪守法风险控制机制的企业（“特例进口者”）可在货物到达前预申报。出口方面，特定出口申报制度允许企业直接在存放地或海港、空港申请放行。
四、信息化处理系统NACCS
NACCS系统是日本通关电子化的关键，处理航空、海运货物通关信息，涉及海关手续及电子商务部分的货物物流管理。截至2013年，约98%的进出口货物通过NACCS电子申报。
五、无纸通关实施
自2013年10月起，日本海关实施无纸通关，企业通过NACCS系统提交电子单证。电子单证放行后，如海关需核查原件或数量，企业应在3日内提交或出示。
六、
日本通关流程和信息化处理系统的不断优化，为进出口企业提供了便利，降低了成本，提高了效率。了解这些流程和规定，是参与日本市场国际贸易的关键。